《移动迷宫3》作为系列最终章，沿袭系列一贯以来的劲爆动作戏和快节奏跑酷风，主要讲述迪伦·奥布莱恩饰演的托马斯率领的好莱坞“跑男团”在经历了迷宫逃脱和末日丧尸的生死考验后，终于迎来最后的正邪较量。

裴凌是一名普通的游戏爱好者，一次意外的事故使他穿越到一个陌生的游戏世界。在这个世界中，裴凌的开局竟是地狱级别的难度：强大的怪物、复杂的迷宫、险恶的环境，让他陷入重重危机。

托马斯（迪伦·奥布莱恩饰）率领的林间斗士在经历了迷宫逃脱和末日丧尸的生死考验后，终于迎来最后的正邪较量。由托马斯、纽特（托马斯·桑斯特饰）等人领军的营救团队，耗时三年筹划营救被抓走的米诺，却意外地发现米诺不在劫获的那截火车上。经调查得知，米诺深陷在WCKD组织的控制之中，托马斯和纽特毅然决定起身前往被称为“最后之都”的人类最后净土，更不惜利用背叛林间斗士投身WCKD的特蕾莎（卡雅·斯考达里奥饰）闯入WCKD，营救米诺和其他人。

在东京某个位于西国立市的神社内，有三名可疑的男子正在密谈。突然有个戴着假面具的黑影男人出现，他用日本刀和弓箭在瞬间将三人杀害。与此同时，在大阪、京都也相继发生了杀人事件。警方在经过调查后发现，被杀害的五人都是出没于东京、大阪、京都三地，专门偷窃著名佛像及艺术品的窃盗集团“源氏萤”的成员。这个集团以日本历史上最有名的悲剧武将——源义经的故事《义经记》为名，首脑化名“义经”，部下则以“弁庆”为首，各自以家将姓名相称。另一方面，小五郎带着柯南、小兰和园子来到了京都。八年前，位于京都的古老寺院——山能寺中的一尊国

东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。

为了庆祝阿拉丁等人从撒共凯旋归来并击退敌人，辛德利亚举办了盛大的庆典。白龙决定回煌帝国，而阿拉丁则在见到受苦的朵妮雅心中的景象后，决定再次踏上旅程。听到阿拉丁要独自去旅行，阿里巴巴内心大为震惊。而在阿拉丁、阿里巴巴、摩儿迦娜面前等着他们的旅程，将是一段充满刺激、魔幻与危机四伏的奇异之旅。

1958年的西德，战后"经济奇迹的"年代。年轻的法兰克福法院公诉人约翰·拉德曼，负责处理违反交通安全的公诉案件。一次偶然的机会，他遇见了《法兰克福评论报》的一名记者在工作大楼内对着一位高级文理中学教师大声控诉，因为他被指认出是奥斯维辛集中营的监视人，却没有受到惩罚的自由生活着。紧接着在法院办公大楼内的一个即兴调查，让这位1930年出生的年轻人看到，战后的人们对战争行为的忘却和沉默，德国年轻一代对它的一无所知。在正义使命的驱使下，拉德曼开始着手于搜寻奥斯维辛集中营幸存者的

12岁女孩子奥菲丽娅有一个凶暴的法西斯军官继父维达，维达的任务就是镇压反抗者，研究各种刑具来折磨残害被抓来的异见人士。眼看着冷酷的继父和其党羽每日作恶还以此为乐，母亲又身怀六甲患病在床，被孤独感和目睹暴行的痛苦困扰的奥菲丽娅开始沉浸在自己的幻想中聊以自慰。一天，奥菲丽娅遇到了迷宫的守护者，潘神。潘神告诉她，她其实是奇幻王国失踪的公主，要想恢复身份，必须通过三个危险的考验。

某个优闲的日子里，冬树与KERORO小队一起去参观印加帝国遗迹—马丘比丘。他们在那里进入了一个迷宫，但Keroro粗心大意地误触了连环陷阱，大家只能赶快往前奔跑逃命。而冬树在逃跑的同时，瞥见了一个伫立在迷宫之中，一动也不动的神秘少女。冬树就这样带着对少女的疑问回到了东京，并渐渐遗忘了这个事情。然而，最强的敌人就在此时无预警的现身。这个敌人的相貌竟然跟Keroro无太大分别，并且准备好带着优秀的部下，开始展开侵略世界各地。Keroro小队这次，将为了蓝星的命运而战。

一名重案组警探卧底成病患，深入调查一起精神病医生涉案的凶案。随着调查的深入，他已经逐渐分不清真实与虚幻。