公元2000年8月，葛城考察队到达南极，发现了地下空洞中的巨大人形生命体Adam以及隆基努斯之枪。葛城计划进行人类基因与Adam融合的接触实验，但不幸因此唤醒了沉睡中的Adam，葛成调查队拼死使用隆基努斯之枪再度封印Adam，但结果失败，最终，葛成调查队人为使Adam的S^2机关暴走（因为葛成调查队全灭，所以详细不明），总算避免了完全的败局——也就是A.T力场（A.T.Field）的消失（全部生命重新开始），以及由亚当诞生的生命架构的重新构筑。因为此事，亚当成为了零碎的肉片。

在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子 配音）。与沉默寡言的绫波丽（林原惠美 配音）不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少的笑话。他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机，抵抗了第八使徒猛烈的攻击，在这一过程中，淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后，第九、十使徒相继降临，真嗣他们面临着生与死的残酷考验……

《EVA 新世纪福音战士新剧场版1.11：序：YOU ARE (NOT) ALONE》。本作基于TV动画1-6话重新制作，而非续编。与TV版剧情大致相同，但也有许多改动。

《EVA 新世纪福音战士新剧场版2.22：YOU CAN (NOT) ADVANCE》。作为新剧场版的第二部，本片延续了前作《序》的剧情。但与第一部不同，《破》的剧情与95年TV版剧情相比有较大变化。

不可思议的事情发生了······小马利亚失去了魔力！陆马、独角兽和飞马不再是朋友，如今只有同种族的小马才会待在一起。但理想主义的年轻陆马桑尼决心找到一种方法，让世界重新拥有魔法并变得像以前一样团结。她与性格开朗的独角兽伊兹一起前往遥远的国度，在那里她们遇到了富有魅力且勇敢的飞马皮璞和齐璞，以及使命感满满的陆马希区烈焰。他们在完成任务的过程中遇到了诸多困难，但每一位新的好朋友都有自己独一无二的天赋，这可能正是小马利亚恢复魔法所需要的东西，并证明了小马也能带来大改变。

《EVA 新世纪福音战士剧场版：THE END OF EVANGELION》。主要讲述了在碇原堂急于实施人类补完计划的过程中，SEELE与NERV之间展开了激烈的斗争，是剧场版系列的第二部。

暗吉尔，埃塔格…过去的宿敌不断复苏！ 还有谜一样的邪恶奥特曼，黑暗艾克斯和黑暗捷德登场！

本作设定在第一部剧情结束八到十年之后的世界中展开，讲述少年游城十代报名参加决斗学院考试，并在学院学习生活中发生的一连串故事。

暗吉尔，埃塔格…过去的宿敌不断复苏！ 还有谜一样的邪恶奥特曼，黑暗艾克斯和黑暗捷德登场！