20世纪末，世界各地的天才少年组成了一个名为炼金之星的组织，其成员之一的高山我梦，作为XIG的一员，靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后，投入了同CRISIS计算机所预测到的根源性灭亡招来体进行的誓死决战中。另一方面，已脱离炼金之星的藤宫博也坚定地认为，对于地球而言，人类才是真正的癌细胞。他凭着蓝光的威力，变身成与盖亚相对立的蓝色奥特曼阿古茹·奥特曼。

2020年，被选召的孩子们都长大成人。伴随着未知数码兽的出现，平静的生活被打破，世界即将再次掀起异变。在所有人的命运即将改变之时，八神太一等人再次集结。然而，伴随着战斗的拉响，他们面临与数码宝贝的分别。自1991年夏天开始的漫长冒险，即将迎来终结之时。这是八神太一和数码宝贝们故事的最终篇章，这是他们最后的冒险。

2020年，网络对于如今人们的生活而言已经是不可或缺的一部分。但是，人类所不知道的是，在网络的另一面有着一个无限的世界——数码世界，以及居住在其中的数码兽……以首都圈为中心发生了大规模网络故障，乱闪的

2012年2月，东京铁塔上空出现了巨大的数码蛋。就在本宫大辅（20岁）和V仔兽修行拉面技艺的时候，遇到了虽然拿着有裂纹的数码器，但身边没有搭档数码兽的迷之青年——自称“我没有数码兽，我的搭档数码兽被我杀了，我是世界上最初和数码兽建立搭档关系的人类。”

继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。

20世纪末，世界各地的天才少年组成了一个名为炼金之星的组织，其成员之一的高山我梦，作为XIG的一员，靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后，投入了同CRISIS计算机所预测到的根源性灭亡招来体进行的誓死决战中。另一方面，已脱离炼金之星的藤宫博也坚定地认为，对于地球而言，人类才是真正的癌细胞。他凭着蓝光的威力，变身成与盖亚相对立的蓝色奥特曼阿古茹·奥特曼。

由于太阳发射的奥特耀斑导致在沉睡在地球地底和海底的火花人偶（“スパークドールズ”）复活，为了应对接二连三出现的凶恶怪兽和侵略宇宙人，人类结成了装备有超科学机械的特搜防卫队Xio（吉奥）。特殊防卫队Xio队员大空大地在战斗中听到了迷之声，此后与神秘之光结合成为了“艾克斯奥特曼”。

2020年，被选召的孩子们都长大成人。伴随着未知数码兽的出现，平静的生活被打破，世界即将再次掀起异变。在所有人的命运即将改变之时，八神太一等人再次集结。然而，伴随着战斗的拉响，他们面临与数码宝贝的分别。自1991年夏天开始的漫长冒险，即将迎来终结之时。这是八神太一和数码宝贝们故事的最终篇章，这是他们最后的冒险。

有关本剧的情报并不多，不过有消息源指出，该剧类似《银河奥特曼》，即主角艾克斯奥特曼可以 使用其他奥特曼战士/怪兽的力量，不过区别点在于，主角艾克斯奥特曼可以借助特殊的卡牌使用其他奥特曼战士/怪兽的力量（类似银河奥特曼的火花软胶人偶超变身设定），比如艾克斯奥特曼能数码哥莫拉卡牌“合体，并且从海报的左上方我们能看到同数码哥莫拉卡牌“合体”的X奥特曼,看起来有机甲的视觉。

2010年，曾经的小学生们已经步入大学，八神太一、石田大和等人步上不同的人生道路（八神太一和石田大和将会成长为22岁），而就在此时，数码宝贝的研究者（松冈茉优 配音）却告诉他们：“被选召的孩子们”长大成人后，数码宝贝也将随之消失。