青年干探阿宝和拍档泉叔一起保护证人，阿宝因帮女友JoJo买礼物而暂时离开，杀手Ace出现，将证人与泉叔当场击毙，阿宝虽赶到但让Ace脱身，他觉得泉叔的死全因自己疏忽造成，发誓替泉叔报仇。阿宝整理泉叔的遗物时发现了一包毒品，阿宝向上司王警官汇报，不料王警官将阿宝调离专案小组。阿宝不满上司做法，偷偷展开调查但落入陷阱。同为警察的JoJo发现王警官是幕后主使，于是将阿宝救出，两人逃往南丫岛。

本片讲述了作家Kelly于《紫雨监狱》书中所述的故事。香港回归前的过渡期内，在港英政府统治下，监狱管理的物资供应、人力配备稍显不足，为平安度过服刑期，狱友们积极自我管理。做生意的女强人顶姐因签错文件入狱，与心系女儿又照顾狱中姐妹的博妈、重情义的波嫂，相识相知，共同抵制女监恶霸劏猪环、维护监狱生活的和谐稳定。顶姐发挥头脑优势、为狱友提解决卫生巾不足的问题，博妈和波嫂服务后勤、尽力维护和平的女监环境，波波化解了同母亲博妈多年的心结、成为了一个有勇气面对接下来的人生的尽职尽责的母亲，顶姐和波嫂也明白女人的幸福得

阿文是一名私家侦探，常常压榨他的两名伙计阿杰与鸡泡。他们从古董店里拿回了一只神灯，阿文随手把灯丢到大街上，一个名叫哈咪波波的女巫从灯里冒出。波波要他们每人说出一个愿望，实现后波波才能回到自己的世界。可是法术失灵，阿文他们都不相信她，她只好从中帮助阿文他们几个。阿文的牌局让波波的失灵法术给搅和了，并与石坚结仇，石坚也认了波波的筷子姐妹花表妹做干女儿。笑话因此不断闹出。

咏娜原本有一个爱她的情人。一天咏娜发现她的情人亚坤不辞而别。咏娜接受不了亚坤无声的离弃，无助下向友人诉说，亚仪教唆咏娜怎样向一个背弃自己的人报复！咏娜在街上碰上亚坤，原来一切只是咏娜妄想出的，他的真名是伟豪。二人在屋内共享烛光晚餐，咏娜一时感触，哭诉她与亚坤的一段情，说亚坤两年前因癌症去世。咏娜拿出日记为证，当咏娜读到日记的最后一段时，突然目露凶光地走到伟豪面前，质疑伟豪对她的爱。

警方正全力找寻证据去起诉奸杀案疑凶黄柏木，希望将他定罪，藉以安抚市民对树林的忧虑，但证据却未能掌握。夏松梓女探长新上任，接手柏木一案。松梓深信柏木只是其中一个凶手，树林多宗自杀失踪背后，内里一定有文章。另一方面，她还要受到上头压力，催促尽快破案，因此她决定进入案发的树林调查。澍海是修读高级植物学的博士，他耗尽所有时间和精神，去证明“植物等同生物”的理论，他认为植物都有思想、感情甚至语言。

党首哥顿连同数名不同背景的贼党策划了连环洗劫金行大买卖。行动当日，警方以李Sir为首与匪徒发生激烈枪战，械劫兵团四处逃窜，其中阿虎与阿龙一同杀出重围，而其他党羽却死在警方乱枪之下。老鼠怀疑阿龙是警方卧底，与阿龙发生激烈冲突，阿虎一力保着阿龙，拿出手枪互相恐吓，幸在最后关头豺狼突然出现，平息了两人风波。豺狼准备烧死劫回来的女子之际，阿龙开枪射杀豺狼，哥顿正要一枪将阿龙解决之时，警方开始了围攻行动。

1991年18岁的三合会会员刘建明听从大哥韩琛的指示进入警校学习，想得到机会来做警方的卧底。而同时警校中的另一名学生陈永仁，受警方安排表面上将其强迫退学，实际上则是让他进入三合会当卧底。刘建明从警校毕业后顺利的进入警局，并且职位步步高升，已成为刑事情报科A队的一员，在此期间他利用各种机会为韩琛提供了大量的情报。而陈永仁在这些年以来已经得到了韩琛的初步信任。

美国战略武器制造商成功研制全自动化的机械人RS1，届时机械人将可替代人类上战场，但惹来一群高科技罪犯垂涎。香港新人类Match、Alien被安排负责展览的保安工作，警队精英Edison亦被召加入。展览会开始前，Edison的朋友也就是RS1电脑系统的黑客少年Kurt将他催眠，令Edison返回展览场地开动机械人，令场内造成重大破坏。

组建一年多的机动部队即将解散，偏偏最后一天的突发任务十分艰巨——搜索潜入深山里的亡命劫匪。森哥与May姐带领的两队警员因为长期赏罚不公矛盾尖锐，最后一天的终极任务暗中较劲，力争表现邀功。深山搜人时，两队警员更是明争暗斗导致状况百出。行动中除了警匪双方的混战还杀出了来历不明的第三方，并给警队带来致命伤害。在孤立无援的情况下，面对重重困难和死亡的威胁，他们将怎样抛开成见，同心协力完成任务呢。

反黑组警长警长肥沙，不慎丢失手枪。这件事非同小可，如果手枪被匪徒用去行凶，肥沙将大祸临头。PTU警官何文展出于义气，答应一定会在天亮之前寻回手枪，带几名手下开展了寻枪行动。另一方面，却在横生枝节：警员Kat死守纪律，坚持要将此事汇报上级处理；而在同一晚，CID的Madam张在接手一单黑社会谋杀案时，怀疑肥沙与黑社会有染，由此与PTU发生意见分歧。人与人，部门与部门之间的矛盾、争斗和角力，在夜幕中徐徐拉开。而第二天清早，揭晓的真相，原来都在他们的意料之外…