风都市民因盖亚记忆体试验品而变成了掺杂体作乱，假面骑士双骑解决了这一难题。可突然间出现了一位名叫米娜的神秘女子。她对双骑充满了恨意，一心想要复仇，于是用超能力对双骑展开了猛攻。但众人听闻了米娜心中恨意的根源后，都感到十分意外……根据米娜所说，原来那个将风都推向深渊的犯人大道克己，也就是假面骑士永骑，竟然是将米娜等人救出地狱的大英雄！恐怖组织“不死者”，还有假面骑士永骑诞生的秘密，“恶魔（永骑）”的真实一面就此揭开！

士为找回失去的记忆而来到新的世界。在这个世界里，士等人来到了一座神秘房子里，在屋内他们遇到了一个称士为哥哥、并一直等待着他的少女门矢小夜。负责照顾小夜的神秘之男子月影告诉士等人，这个世界已经开始出现消亡现象，想要阻止最恶劣的事态发生，就必须决定出一个最强的假面骑士。难道光夏海梦见的骑士大战即将成为现实？骑士大战过后，大地上却突然出现了大修卡的基地。

2018年秋天，在梦想成为王者的18岁主人公面前，时光机突然出现。从时光机中现身的神秘少女告诉他：“我是从2068年过来的。魔王降临未来世界，他让人们饱受折磨，让世界陷入绝望之中”。为了改变未来绝望的世界而来到2018年的少女还对他说：“未来的你，成为了毁灭世界的魔王，时间的王者——时王”。命中注定会变身成为假面骑士时王的主人公，他不是英雄而是未来的魔王吗……他未来的命运究竟如何？这是一个主人公跨越时空，与历代平成假面骑士相遇，为了挽救过去、现在、未来而最终成为新时代王者的故事。

45年前，一位男人被邪恶的秘密组织修卡改造，从那一天以来，这名男人为了守护人类的自由持续战斗。他的名字是本乡猛，是在这个世界最初诞生的假面骑士。在海外长年与邪恶周旋的猛，因为查探到一名少女的危机而紧急回国。少女的存在对于使修卡最高干部的地狱大使复活所不可欠缺，此外亦与寻找著修卡盯上少女之原因的天空寺尊（假面骑士灵骑）及其同伴们相遇。

东都、西都、北都的战争结束后，在潘多拉魔塔内建立起了新政府，各都由三位都长管理。然而这三位都长却在就职演讲上扬言要歼灭创骑，一场新的危机降临了，战兔最后的实验开始了！

在桐生战兔创造的新世界中，只有接受过人体实验的人恢复了旧世界的记忆。而某位恢复了记忆的科学家成立了覆灭组织，并突袭了政府官邸，他企图利用骑士系统来统治新世界。另外，覆灭组织利用一股不可思议的力量让冰室幻德、桐生战兔、万丈龙我失去了变身能力，并为了夺得白色金属板，而绑架了美空。现在唯一的希望就在还能变身的一海身上了。一海将燃烧心火、救回美空，最后的狂欢就此开始！

在桐生战兔创造的新世界中，只有接受过人体实验的人恢复了旧世界的记忆。而某位恢复了记忆的科学家成立了覆灭组织，并突袭了政府官邸，他企图利用骑士系统来统治新世界。另外，覆灭组织利用一股不可思议的力量让冰室幻德、桐生战兔、万丈龙我失去了变身能力，并为了夺得白色金属板，而绑架了美空。现在唯一的希望就在还能变身的一海身上了。一海将燃烧心火、救回美空，最后的狂欢就此开始！

由王震（朱雀 饰）的摩托车骑士小队，在西北练车时被席卷而来的奇特沙尘暴卷入，醒来时发现身处另一个时空。很快，他们便面临这个世界土著“拜日族”的追杀，一行人艰难躲避。铁林（陈子轩 饰）被单独抓走，却因长相与楼兰族传承下来的“王”的画像一模一样，而被楼兰族祭司认为是王的转世，而将其救出，带去楼兰秘境。王震一行辗转寻找到铁林的踪迹之后，跟随来到楼兰秘境与铁林惊险汇合，并带出楼兰秘境传承之双鱼玉佩。骑士小队重新面对土著追杀，踏上求生与回归之旅。

战兔创造了新世界后，除了战兔和龙我外，所有人都失去了有关假面骑士、天空之壁等的一切记忆。然而某一天，突然从白色的潘多拉金属板中出现了一个未知的外星生命体，他利用龙我恢复了潘多拉魔盒，并企图利用魔盒的力量毁灭全宇宙，而拯救宇宙的重任竟落在了龙我和埃伯尔特的身上！

终于，所有手表集齐，那一刻到来了……王者的诞生，背后隐藏着巨大的阴谋。神秘的组织突然出现，他们自称为历史的管理者。身份立场的转变，跨越时间的旅行，亲密好友的背叛……庄吾、盖茨、月读、沃兹该何去何从？而他们的所作所为，与未来紧密相关！世界会开始崩溃吗？平成时代会被推翻重来吗？最大的谜题将会揭开！