第二次新吉翁战争（夏亚的叛乱）终结后已经过了12年，现在是U.C.0105—。即便经历了被视为展现人类和宇宙世纪未来的“阿克西斯撞击”，世界仍然是混乱的状态，不时地发生着军事冲突。地球联邦政府也愈加腐败，高层不仅让地球污染加速，还实行了非人道的“猎人”政策，强制把民间人带去宇宙。在地球圈这种腐败中出现了一位人物，叫马夫蒂·纳比尤·艾林，他统率着反地球联邦政府组织“马夫蒂”。他们不断暗杀地球联邦政府高官，干着残忍的恐怖行为，但也从强烈反感联邦政府的民众中获得了一定的支持。而自称“马夫蒂”本人，即组织的指挥者

C.E.70年2月，地球联合军与扎夫特之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了扎夫特的战士。

巴顿财团利用前OZ统帅托雷斯之女玛丽梅亚作傀儡领袖成立军队，以新建之殖民地X18999为基地，同时胁持担任地球外交官的莉莉娜作人质，企图实行第二次流星作战。希罗等人进入殖民地化解危机并把高达取回作战。