阿列娜是个美丽的俄罗斯姑娘，她不但是人类历史和史前文明的专家，更是一个身手矫健的搏击专家和攀岩爱好者，经常受雇于各种基金会去全世界发掘和寻找史前遗迹。格林是一个以考古之名进行盗墓和文物走私的所谓“考古学家”，在一次意外中他发现了一个古代遗迹并从中解开了“世界末日”之谜。在遥远的古代地球上已经存在着一个高度发达的史前文明，他们预测到了未来人类将会有十分之一的人死于由太阳风暴而引发的“末日”灾难。为此，史前地球上的七个文明各自打造了一个具有神奇力量的护身符，只要有一个护身符最终流传到未来，就可以使全人类逃过大

在遥远的过去，因开采无限能源而招来涅伽尔的侵袭、流亡至地球的异星幸存者，为地球创造了神代遗迹及文明并延续至今。当地球面临同样的危机时，封存在遗迹中的巨大机器人苏醒，为了寻找在涅伽尔袭击中下落不明的姐姐，李星澜志愿加入了最前线的AG部队。

成功营救药老后，重伤的萧炎被带回星辰塔闭关，得益于三千焱炎火和星辰之力的修复，沉睡了一年的萧炎终于苏醒，并晋升为了斗尊。为了修复药老的本源魂气，萧炎决定前往远古时期斗圣留下的遗迹，然而，无数势力都窥觑此地的天阶斗技和斗圣骸骨，在遗迹未开启之前，已经有多方势力汇聚于此，所有人都想分一杯羹，与此同时，魂殿的威胁也迫在眉睫，萧炎唯有火中取栗，方可博得一线生机。

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叛出洪武门后，江羽掩盖身份，与落日山脉中打怪升级，偶遇远古遗迹，江羽借助不死之身，闯入遗迹，通过考验，得到莫大奖赏，却不知道这是个阴谋。原来，这座遗迹是一尊远古仙人陨落之地，在寻求高天赋者夺舍，可惜江羽为不死之身，根本无法被夺舍，最终江羽收服远古仙人，并阴差阳错将他灵魂封印到一条狗身上……

持续旅行的小智一行人，来到了被丰富自然的河川环绕的城镇米季纳。这个城镇里拥有数千年前的遗迹，小智等人在巨大的岩山上朝遗迹前进。突然，遗迹附近的湖刮起了水龙卷并向小智等人逼进，就在快被龙卷风卷入时，随着“帝牙卢卡，拜托了！”的声音出现了一名女性。下一刻，撕开空间的帝牙卢卡出现了。这位名叫“希娜”的女性，是遗迹的守护者，拥有与神奇宝贝心灵相通的能力。在希娜的邀请下，让小智他们使用时空仪来说明有关帝牙卢卡、帕路奇犽、骑拉帝纳的空间，并说起了在米季纳关于被称为诞生一切的幻之神奇宝贝“阿尔宙斯”的古老传说…。

在遥远的过去，因开采无限能源而招来涅伽尔的侵袭、流亡至地球的异星幸存者，为地球创造了神代遗迹及文明并延续至今。当地球面临同样的危机时，封存在遗迹中的巨大机器人苏醒，为了寻找在涅伽尔袭击中下落不明的姐姐，李星澜志愿加入了最前线的AG部队。

在沙漠城市玖楼国，少年小狼多年前，跟随养父考古家藤隆来到这国家，希望发掘该国的翼形遗迹，以解开玖楼国的历史之谜。小狼因此认识了玖楼国中的各人，包括与他青梅竹马的小樱公主。二人一直互相心仪，但小狼碍于身份问题，一直不敢表白。藤隆辞世后，小狼继承父亲遗志，继续挖掘和研究工作。为了拯救小樱，小狼带着小樱与新结识的法伊和黑钢踏上了在不同次元甚至不同时间寻找羽毛的征程，而飞王也在密切关注着事情的进展。只是主人公四人不会想到，这一切的一切，都是一个巨大的阴谋。