从神话时代起，每隔两百多年女神雅典娜和冥王哈迪斯之间就会发生异常规模宏大、惨烈非常的圣战。距今（1990年）243年前，也就是上一次圣战发生的时候。在欧洲某修道院内，曾经生活三个好朋友，分别是亚伦、亚伦的妹妹萨沙和日裔少年天马。看似平凡的三个少年却有着极不平凡的身份。萨沙很小时候便被希腊的访客带去圣域，原来她便是雅典娜女神的转世；天马功夫高强，正义勇敢，完全凭借自己的能力领悟了小宇宙，并由天秤星座黄金圣斗士童虎带回圣域修炼，最终成长为天马星座圣斗士；亚伦酷爱画画，一心画出完美的作品，而灵魂中冥王哈迪斯的意

《圣斗士星矢：黄道十二宫战士》每集将有30分钟左右的时长，并将一次性播出完毕。故事内容则包含“银河战争篇”以及“白银圣斗士篇”。

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本作讲述的是距《圣斗士星矢》本篇所处年代的243年之前，上一代圣战的故事。出场人物有本篇登场的黄金圣斗士童虎和史昂、这个时代的天马座圣斗士·天马、天马的挚友·被哈迪斯选中为转生体的亚伦、雅典娜的转生·萨莎（ND里未登场） 等，故事以他们为中心而展开。

阳光突然强烈，气温急剧升高，新宿陷入异常的热浪中。诡异的黑人姆卡拉出现，其巨大的破坏力竟为五人所不能敌，而且，他竟拥有与辽的白色盔甲相同的黑色辉煌帝。五人欲以白色盔甲应对，但伸因仿佛感觉到了什么而犹豫，导致辽和征士被黑色盔甲带走。辽、征士的不知所踪，伸与秀、当麻打架而出走、迷失，一直以来同生死共患难的他们，遇到了前所未有的危机。在非洲原始部落神秘美丽的土地上，他们第一次发现了被人类当做保护神数千年的的盔甲的真实面目，并以最纯洁高尚的心，粉碎了全部的盔甲。

向辉煌帝燃起憎恶之火的怨灵少女、铃系的出现、将原本应该已经完成了铠战士使命的Samurai Trooper们推向绝望的深渊。他们拼上性命战斗的意义是什么？铠甲究竟是什么？被铃系提出的问题玩弄、回首曾经的战斗迷惘苦恼的五人、从当麻开始、一个又一个地被因凉凪的怨念所生出的新铠甲封印。

充满激烈攻防的高达模型对战全美锦标赛决赛正在如火如荼地展开，某一位斗士的身影出现在了那里。几个月后，正在彩渡商店街组装新高达模型的五月野美纱露出了比平时更加不悦的表情。美纱似乎是为了平息无处发泄的怒火，把完成的高达模型安装进对战模拟机打算开始对战，而高达模型却突然遭到束缚。就在盛大活动GB狂欢节即将到来之时，高达模型斗士们的命运突然风云变色。

一部两个年轻人落入地下拳击组织的影片。一个为了拯救自己的父亲，用挣来的钱还父亲的赌债，另一个是为了有钱可以离开犹太人聚集区。同样的被拳击组织者剥削利用，两人成为好友，震撼的结局让两个年轻人为了生存而展开较量。

射手座黄金圣斗士艾欧洛斯怀抱女神转世雅典娜逃出圣域，途中遭到双子座撒卡和摩羯座修拉的阻击身负重伤。命运的驱使下，垂危一线的艾欧洛斯将女神托付给刚好来喜马拉雅山脉探险的日本城户财团总裁城户光政。知晓前因后果的光政将女神带回日本，并为之起名沙织，以孙女的名义将其抚养长大。

女主JoJo Raines在镇上过着毫无前途可言的生活，平时她和朋友一起游荡，以及找架打来发泄满腔的沮丧。直到某天她惹错了人并被判社会服务令，JoJo来到退伍军人康复医院时认识了位受伤的战士，对方向她传授了综合格斗；而经过训练后，曾经气盛的女主开始找到自己的目标，使得她不再走在自毁的路上。