终于，所有手表集齐，那一刻到来了……王者的诞生，背后隐藏着巨大的阴谋。神秘的组织突然出现，他们自称为历史的管理者。身份立场的转变，跨越时间的旅行，亲密好友的背叛……庄吾、盖茨、月读、沃兹该何去何从？而他们的所作所为，与未来紧密相关！世界会开始崩溃吗？平成时代会被推翻重来吗？最大的谜题将会揭开！

时王，退幕之日；零一，诞生之日。绝对不可以交汇！2019年，世界已经被人工智能修码吉亚统治，身处不同世界的假面骑士零一和假面骑士时王奇迹般地相遇了。虽然他们都是为了拯救世界，但二人最终是会携手战斗还是相互为敌？父亲的梦想、儿子的梦想……当各自的想法发生碰撞之时，未来究竟会怎样…！？

2018年9月 —— 平凡的高中生们正在为各自的前途奋战。明光院景都正为了梦想的柔道金牌而努力，然而，他在比赛中受伤，从此再难踏上柔道选手之路。明光院心灰意冷之时，神秘的青年突然出现并拿出手表及驱动器……此外，班级里也突然来了一位名为海东大树的转学生……错综复杂的阴谋，层层交叠的陷阱。等待着明光院、庄吾还有月读的，究竟是什么样的未来?

很久以前，地狱的芭罗慈遗迹被成功的封印了。如果那个封印被解除拥有灭世之力的上古地狱阎魔兽扎伊古将复活。邪恶之力蠢蠢欲动。为了阻止这一切，天空大地等特殊防卫队的队员和考古学家玉城有司前往遗迹一探究竟。

塞罗奥特曼在本作中与红莲火焰、镜子骑士、詹伯特阻止天体的运转,并结识了詹奈。