该作讲述的是奥特英雄们勇敢的冒险故事。内容围绕着迪迦奥特曼和泽塔奥特曼两位奥特战士展开。

3000万年前，黑暗使世界陷入恐惧。但是，那片黑暗被光之巨人亲手封印在遥远的宇宙中。耗尽全力，光之巨人在红色的星球上陷入长眠。时光流转。在地球和平同盟TPU紧急组建精英小组精英胜利队（GUTS-SELECT）时，真中剑悟正在刚刚开拓的火星上作为植物学家安稳地生活着。然而有一天，这种生活却宣告终止。被封印在超古代的黑暗又重现于世了！当火星的街道被怪物破坏时，剑悟被命运引导和沉睡的光之巨人相遇了。这次相遇会给他，和地球带来怎样的影响呢。跨越时空苏醒的光之巨人，他的名字是特利迦奥特曼。

地球上住着很多偷偷隐居的外星人，只有少数人才知道这个真相，一般的民众并不知道有外星人的存在。主人公“工藤优幸”就职于一个名叫“伊吉斯”的民间警备组织，该组织主要是解决外星人引起的纠纷。优幸为了和平，每天都在努力地工作。在优幸的身上隐藏着一个连他自己都不知道的秘密，泰迦奥特曼的光之粒子寄宿在了他的身上，当泰迦奥特曼在优幸体内苏醒的那一刻起，新的故事开始了。

作为民间警备组织E.G.I.S.的一员工作的工藤优幸，有着变身为泰迦、泰塔斯、风马的能力。经过与无数敌人的战斗，优幸和泰迦、泰塔斯、风马之间的羁绊更加深厚。但是，他们却被邪恶势力瞄准。知道这件事后，新生代的奥特战士们为了拯救他们，陆续集结来到地球。并且，泰迦的父亲，泰罗·奥特曼，也来到了地球。但是，泰罗却猛烈地袭击了儿子泰迦。泰罗到底怎么了？泰迦能和父亲战斗吗？新世代正面临着巨大的黑暗力量。

泽塔奥特曼是登场10周年的赛罗奥特曼的徒弟，拥有着和赛罗一样的热心肠，是一位不断前进、永不放弃的奥特英雄。他怀着对赛罗的憧憬，依靠不懈的努力，成为了宇宙警备队的一员。泽塔奥特曼的人类形态夏川春树（暂译 由平野宏周饰演）是怪兽应对机甲部队“军械库（storage暂译）”的一员。本作着重叙述泽塔奥特曼、夏川春树两位主角共同成长的故事。

赛罗奥特曼为了救盘龙号的船员，与黑暗洛普斯赛罗展开了激烈的战斗。在战斗过程中，由于赛罗一个不小心被打入了扭曲的空间里，在这个扭曲的空间里，赛罗居然遇到了奥特兄弟，只不过没想到的是，奥特兄弟居然对赛罗发动了攻击。原来这些奥特兄弟并不是真正的奥特兄弟，是一群人造的冒牌货。赛罗虽然无惧这些冒牌的奥特兄弟，但是由于对方人数较多，赛罗一时间也是陷入了苦战。冒牌奥特兄弟不断对赛罗发动攻击，赛罗的体力渐渐开始不支了。就在千钧一发之际，雷欧奥特曼现身，特地赶来支援赛罗。在雷欧的帮助下，赛罗与雷欧合力击败了冒牌奥特兄弟。击

该作讲述的是兄弟两人哥哥凑活海、弟弟凑勇海获得了罗布回旋闪光与罗布水晶，分别变身为充满火元素之力的罗索奥特曼，以及充满水元素之力的布鲁奥特曼，并与敌人展开战斗的故事。

很久以前，地狱的芭罗慈遗迹被成功的封印了。如果那个封印被解除拥有灭世之力的上古地狱阎魔兽扎伊古将复活。邪恶之力蠢蠢欲动。为了阻止这一切，天空大地等特殊防卫队的队员和考古学家玉城有司前往遗迹一探究竟。

主人公朝仓陆有一天入手了捷德升华器与奥特胶囊，得到了FUSION RISE（融合上升）变身成捷德奥特曼的力量。与此同时也知道自己继承了堕入邪恶的黑暗巨人贝利亚奥特曼的遗传基因。自己作为在地球长大的普通年轻人，知道了自己其实是贝利亚的儿子。捷德奥特曼，也就是朝仓陆的命运发生了巨大变化。

有一天SSP成员收到了寄来的神秘道具。那是艾克斯奥特曼的变身器艾克斯终端。落入敌人的陷阱而解除与Xio队员大空大地一体化的艾克斯奥特曼，SSP，流浪之旅行归来的凯，还有行踪不明的大地！地球新危机的前兆降临！寻找宇宙中拥有邪恶之心的人，拥有放大持有者的能力的黑暗圆环。准备用它将一切的美丽的东西作为宝石收藏的邪恶的宇宙魔女贼穆鲁娜奥。她已经收集了银河和维克特利的宝石，如今有了新的目标，准备把地球化成宝石收藏，似乎有什么企图的伽古拉暗中开始活动。在穆鲁娜奥率领的邪恶宇宙人军团的面前，艾克斯将要被它们变成宝石！