巴顿财团利用前OZ统帅托雷斯之女玛丽梅亚作傀儡领袖成立军队，以新建之殖民地X18999为基地，同时胁持担任地球外交官的莉莉娜作人质，企图实行第二次流星作战。希罗等人进入殖民地化解危机并把高达取回作战。

曾经，一位名叫奥特曼的光之战士守护了被怪兽和外星人所侵略的地球。在危机解除后，奥特曼就离开了地球，地球从此恢复了往日的平静。人类迎来了欣欣向荣的时代。多年过去，人类看似过着和平的生活，但其实危机已经悄然接近。人类需要光之巨人帮助的时刻再次来临，所以，继承了光之遗传基因的新英雄诞生了。只不过，这位英雄不是当年的那位巨人了，他身穿装甲，体型和人类一样。而且，他还是一位高中生。他的名字叫早田进次郎。奥特曼的人间体早田进就是进次郎的爸爸。新一代奥特曼的战斗就此拉开了序幕。

世界上发生大规模地球人消失事件，进次郎和玲奈也同时消失了。消失的进次郎和玲奈被传送到了位于卫星轨道的外星人飞船上。自由记者光太郎因为调查“消失事件”之谜知晓了太多真相，后来惨遭灭口。但有人不希望光太郎就这样死去，于是复活了光太郎。复活后的光太郎变成了超人。外星人恐怖组织“黑暗之星”向世界发出了声明。他们以人质为要挟，要求获得地球的公民权。科特队为了救出人质，与“黑暗之星”的外星人展开了激烈的战斗。佐菲、杰克、艾斯也赶来帮助科特队解救人质。这一次奥特6兄弟，全员到齐！金古桥降临在涩谷大肆破坏城市。进次郎为了

世界上发生大规模地球人消失事件，进次郎和玲奈也同时消失了。消失的进次郎和玲奈被传送到了位于卫星轨道的外星人飞船上。自由记者光太郎因为调查“消失事件”之谜知晓了太多，后来惨遭灭口。但有人不希望光太郎就这样死去，于是复活了光太郎。复活后的光太郎变成了超人。外星人恐怖组织“黑暗之星”向世界发出了声明。他们以人质为要挟，要求获得地球公民的权益。科特队为了救出人质，与“黑暗之星”的外星人展开了激烈的战斗。佐菲、杰克、艾斯也赶来帮助科特队解救人质。这一次奥特6兄弟，全员到齐！金古桥降临在涩谷大肆破坏城市。进次郎为了救

宇宙世纪0079年，就连宇宙都变成了人类的战场。势如破竹的吉翁军进行了导致世界人口半数死亡的不列颠作战（殖民星坠落）。另一方面，地球联邦军为了挽回劣势以压倒性战力来对抗。萨比家错综的阴谋、被难以改变的命运玩弄于掌心的雪拉‧玛斯、成为吉翁军驾驶员的兰巴･拉尔及哈蒙，就连在SIDE 7 平稳过日的阿姆罗和芙劳的日常生活，也逐渐蒙上了阴霾……。随后，被仇恨驱使成为吉翁军王牌的夏亚‧阿兹那布尔，他所参战的「鲁姆会战」即将展开。

在「破晓起义」后前往地球的夏亚，在那与拥有不可思议力量的少女──拉拉．逊相遇。另一方面，致力推动RX-78开发计划的阿姆罗父亲──提姆･雷，得到吉翁方面MS开发计划的核心人物──米诺夫斯基博士逃亡的消息，因而动身前往月球。在月球表面上的微光区域，展开人类史上首次的MS死斗战。时间来到宇宙世纪0079年——。距离地球最远的宇宙都市SIDE 3，以吉翁公国之名向地球联邦政府挑起独立战争。这场战争导致人类的总人口数一半死去，动乱的时代正要开始——。

宇宙世纪0071年。脱离SIDE 3，慕佐自治共和国后3年。吉翁‧兹姆‧戴肯的遗孤卡斯巴尔跟阿尔黛西亚兄妹，与金巴‧拉尔一起逃往地球，并寄住在提亚波罗‧玛斯家中，与爱德华、雪拉过着平稳的日子。而一直追踪他们的扎比家的魔手，悄悄地再次逼近…。此时，SIDE 3将国名更改为吉翁自治共和国。扎比家不但掌握实权，整个支配体制也日渐巩固，更开始着手开发对抗地球联邦军的最新兵器－机动工兵。

宇宙世纪0068年，SIDE 3，慕佐自治共和国。准备发表从地球联邦政府完全独立宣言的吉翁．兹姆．戴肯，突然在演说中倒下并离开人世。戴肯的两位遗孤卡斯巴尔与阿尔黛西亚，其命运有如接下来激烈动荡的时代般，正等着他们…

自人类移民至太空殖民地以来，经过了数百年的宇宙时代，围绕地球圈霸权的争夺战争结束，大家以为和平的时代终于到来。A.G.101年，突然出现的未知敌人（Unknown Enemy。以下简称“UE”）前来袭击，太空殖民地“天使”完全崩毁，死伤无数。这事件就是“天使的落日”，它让居住于地球圈的人类，再度陷入漫长的苦痛之中，而此事亦为长达一百年的战争揭开序幕。

　　由于第三次流砂现象，东京的一部分沉入泥泞之中。利用复兴作业中建造的高出力强化外骨骼“Willware”进行的犯罪日益增加，为了应对此事，警察厅警备局在吉祥寺分室新设了第五特别公安课第三机动强袭室第八系——通称“第八”。