《圣斗士星矢：黄道十二宫战士》每集将有30分钟左右的时长，并将一次性播出完毕。故事内容则包含“银河战争篇”以及“白银圣斗士篇”。

美军一名飞行员在南美洲的原始森林失踪了，那里盘踞着不怎么友好的当地游击队。美军特种兵少教达奇（阿诺•施瓦辛格 Arnold Schwarzenegger）率领部下亲自前往搜救。他们在森林里很快就发现了失踪的飞行员的尸体，死状恐怖。大家都认为那是当地的游击队干的，愤怒的队员开始寻找当地游击队的基地，要为同伴报仇。然而当他们发现当地游击队的营地时，发现当地人也被一种恐怖气氛所笼罩着。随后，队员们相继被袭击身亡，但每次都没发现敌人的半个影子。对方就像凭空隐形了一样。孤身一人的达奇决心凭自己的力量面对这股神秘恐怖

影片以悲壮的笔触，描述了30年代时期，不丹国卡尔城金将军与日军勾结，在城里生产毒气，中国派遣特务“天字第一号”和现代镖局负责接出城主尤达。女镖师阿琼在爱慕尤达的金将军女儿芊芊帮助下，意欲和尤达一起逃走，但“天字第一号”力主要破坏毒气计划，结果被抓。金将军为救爱女，反过来帮助他们，与日军开始一场大战。

故事讲述了“高达UC”后一年，超越人类智慧和力量的独角兽和报丧女妖渐渐被人们遗忘，而这时独角兽三号机同为RX-0的机体菲尼克斯在地球圈出现…

还记得新生代奥特战士们吗？银河奥特曼、维克特利奥特曼、艾克斯奥特曼、欧布奥特曼、捷德奥特曼、罗索奥特曼、布鲁奥特曼这7位新生代奥特战士，为了守护地球的和平与正义，他们将会在这一次的剧场版中，再次归来！为了帮助伊吉斯的优幸，泰迦奥特曼、泰塔斯奥特曼、风马奥特曼这3位奥特战士一直在留在地球，与可恶的怪兽还有外星人艰苦地战斗着。而泰迦奥特曼易为何要与他的父亲泰罗奥特曼进行战斗？在这中间到底发生什么？让这对父子不得不针锋相对，泰罗奥特曼为什么会向自己的儿子泰迦奥特曼出手。这一切貌似又和托雷基亚奥特曼扯上了关系！托

主要讲述了10位奥特曼勇士将联手共同对抗宇宙新出现的威胁——基于未知原因猎杀奥特战士的超时空魔神艾塔鲁达之经历，且10位奥特曼将会合体成最强的奥特曼战士——银河胜利奥特曼！

C.E.70年2月，地球联合军与扎夫特之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了扎夫特的战士。

公元2000年8月，葛城考察队到达南极，发现了地下空洞中的巨大人形生命体Adam以及隆基努斯之枪。葛城计划进行人类基因与Adam融合的接触实验，但不幸因此唤醒了沉睡中的Adam，葛成调查队拼死使用隆基努斯之枪再度封印Adam，但结果失败，最终，葛成调查队人为使Adam的S^2机关暴走（因为葛成调查队全灭，所以详细不明），总算避免了完全的败局——也就是A.T力场（A.T.Field）的消失（全部生命重新开始），以及由亚当诞生的生命架构的重新构筑。因为此事，亚当成为了零碎的肉片。

在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子 配音）。与沉默寡言的绫波丽（林原惠美 配音）不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少的笑话。他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机，抵抗了第八使徒猛烈的攻击，在这一过程中，淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后，第九、十使徒相继降临，真嗣他们面临着生与死的残酷考验……

方宇意外邂逅了迷失在地球的托宝战士，并与他们成为伙伴。而后他发现父亲竟是传奇托宝操作员，曾经的英雄故事将再次上演。与此同时，宇宙强盗入侵地球，父子与托宝战士携手，展开一场惊心动魄的守护之战。