某天，一辆运钞车遭到抢劫团伙袭击，高达2.6亿日元的现金被对方劫持。罪犯在逃跑过程中慌不择路，闯进了一座大型购物中心，并以此为据点劫持了多达50名的人质。警视厅搜查一课特殊搜查班（SIT）的宇佐木玲子进入现场与罪犯谈判，谁知就在关键时刻SAT突入现场，引发了中心的爆炸。御堂启一郎以主犯身份投降，而其他犯人则趁乱逃跑。数周后，玲子在羽田机场重逢当时作为人质的木元佑介，盘桓心底的疑问让她感觉到了些许异样。不久后劫机事件发生，劫持者要求释放御堂，否则一小时后将屠杀人质。危机时刻，玲子成为左右事件成败的关键……

某天，一辆运钞车遭到抢劫团伙袭击，高达2.6亿日元的现金被对方劫持。罪犯在逃跑过程中慌不择路，闯进了一座大型购物中心，并以此为据点劫持了多达50名的人质。警视厅搜查一课特殊搜查班（SIT）的宇佐木玲子进入现场与罪犯谈判，谁知就在关键时刻SAT突入现场，引发了中心的爆炸。御堂启一郎以主犯身份投降，而其他犯人则趁乱逃跑。数周后，玲子在羽田机场重逢当时作为人质的木元佑介，盘桓心底的疑问让她感觉到了些许异样。不久后劫机事件发生，劫持者要求释放御堂，否则一小时后将屠杀人质。危机时刻，玲子成为左右事件成败的关键……

东京明和银行职员中山雄吾坠楼身亡，搜查一课刑警伊丹宪一率队赶赴现场，结果遭遇了颇令他头疼的警视厅电脑犯罪对策课的专门搜查官岩月彬。原来中山生前曾以Justice11的ID在网络上上传散布大量疑似银行内幕信息的数据，其行为早已引起岩月彬及其同僚的注意。

东京都内发生了三起杀人事件。警方从所有案发现场都遗留有的无法解释的数列推断出这是一系列带有预告信息的连环杀人案，并就此展开了侦查。警视厅搜查一课的精英刑警新田浩介（木村拓哉 饰）破译出该数字预示着下一次作案的场所，他由此推测东京柯尔特西亚酒店将会成为第4起命案现场。然而凶手是谁却毫无线索。警方因此决定潜入东京柯尔特西亚进行调查，新田则要扮作前台人员追查凶手。受命指导他的是东京柯尔特西亚的优秀前台员工山岸尚美（长泽雅美 饰）。

位于东京都葛饰区的一座公寓内，一具高度腐烂的尸体被人发现。经警方初步查明，死者是来自滋贺县的押谷道子，她的死亡实属他杀。警视厅搜查一课刑警松宫调查发现，押谷此次上都是为了拜访并观看学生时代的好友浅居博美的舞台剧的。虽然浅居有充分的不在场证明，不过她和加贺恭一郎的合影依然引起松宫的注意。与此同时，在道子遇害公寓的附近，一具焚烧后的尸体被人发现。现场的一件遗物令加贺激动万分，因为这与他多年未曾谋面的母亲有着千丝万缕的关系。两起案件，以及失踪的人，将浅居和加贺再度连接在一起……

2009年，当麻纱绫（户田惠梨香饰）和濑文焚流（加濑亮饰）相识的前一年。在美国FBI学成归来的当麻被分在警视厅公安部公安第五课未详事件特别对策系，接受组长野野村光太郎的直接领导。此前不久，某大型石油企业高管接连被人杀害，死者的心脏无一例外都留下被人用手捏过的痕迹。显而易见，这一系列事件和所谓的SPEC持有者有着极为密切的联系。与此同时，石油企业高管Diablo（大杉涟饰）高薪聘请神秘SPEC持有者一十一（神木隆之介饰），企图阻挡神秘的SPEC杀手。一十一，这个日后与当麻和濑文有着不解渊源的难缠敌手将当麻视

本作是柯南第25部剧场版《名侦探柯南 万圣夜的新娘》的外传性质作品，回顾了高木涉和佐藤美和子之间的恋爱故事。最后附录的原创内容与《万圣夜的新娘》剧情相关，描绘了高木刑警和佐藤刑警婚礼前的样子。

某天，一辆运钞车遭到抢劫团伙袭击，高达2.6亿日元的现金被对方劫持。罪犯在逃跑过程中慌不择路，闯进了一座大型购物中心，并以此为据点劫持了多达50名的人质。警视厅搜查一课特殊搜查班（SIT）的宇佐木玲子进入现场与罪犯谈判，谁知就在关键时刻SAT突入现场，引发了中心的爆炸。御堂启一郎以主犯身份投降，而其他犯人则趁乱逃跑。数周后，玲子在羽田机场重逢当时作为人质的木元佑介，盘桓心底的疑问让她感觉到了些许异样。不久后劫机事件发生，劫持者要求释放御堂，否则一小时后将屠杀人质。危机时刻，玲子成为左右事件成败的关键……

七年前，日本驻英领事馆发生了一起致命的中毒事件，而唯一的幸存者也被国际犯罪组织劫走。出于政治原因，日本政府决定将此事隐瞒下来。七年后，前国际犯罪情报事务局理事马克·刘来到日本追查犯罪组织头目渡鸦的踪迹。东京警视厅派出特别干员杉下右京及冠城亘前往协助。然而，警方的第一个线人很快就被一个神秘的黑衣男子杀害。不久后犯罪组织入侵了外交部的官方网，并放出一段录像，在录像中的正是七年前失踪的幸存者，鹭泽瑛里佳。组织向日本政府索要9亿日元，并扬言如果不服从要求，数百万人将会见证日本的毁灭……

“百舌之乱”引起的一连串波澜渐渐平息，查清妻子死亡真相的警视厅公安部特务第一课警部仓木尚武（西岛秀俊 饰）失去前进的方向，日益消沉。搜查一课警部大杉良太（香川照之 饰）看透了警界的黑暗，转而成为一名私家侦探。平静的日子里，恐怖事件突然爆发。冷血杀手权藤刚（松坂桃李 饰）带领手下袭击并爆破某高层建筑。与此同时，几个蒙面人试图劫持某国大使馆的汽车，被偶然路过的仓木阻挠。以此为契机，仓木和大杉、明星美希（真木阳子 饰）再度碰头，一度被遗忘的达摩重新占据了众人的脑海。妻子和女儿死亡的背后似乎还有未曾解开的秘密，仓