故事内容延续第一部TV版《攻壳机动队 STAND ALONE COMPLEX》的剧情继续发展。但TV版的2部作品与剧场版无甚联系，可以看做是两个平行世界里发生的事情。这次TV版第2季的制作班底与第一部相同，同时剧情表达上和第一季一样，每话由不同故事构成，各自独立成章，却贯穿着同一条主线。在剧情上同时电影版导演押井守也参与了协力，不过电影版中凄凉的气氛没有在TV版第二季中体现。

14岁少女·大户爱在深夜散步的途中，随着神秘声音的指引，获得了一枚「蛋」。「如果想要改变世界的话」「那么就在现在做出选择」「请相信自己——」「打破这枚蛋——」而在打破「蛋」之后，等待着爱的是……。

热爱滑板的高中二年级生·历，所沉迷的事物是——“S”。「S」是在封锁的矿山中乘着滑板滑落、无视规则的危险而秘密的竞技。而在此项竞技当中展开的「BEEF（决斗）」也令无数人为之疯狂。历与来自加拿大的归国子女及转学生·兰加一起前往开办「S」的山中，从未玩过滑板的兰加被卷入了「S」当中……!?与心术不正的滑板手以及AI滑板手等拥有不为人知的另一面、个性丰富的滑板手们共同展开的热血滑板竞技战斗×无限的可能性，就此开始——!!

第五个季节集中在媒体行业。巴尔的摩太阳报面对利润的下滑、记者和新闻的数量减少、新闻质量下降的困境，如何报道被杀流浪者的新闻专题。第四季结束后的十五个月，市长Carcetti削减警局预算缩减教育赤字迫使案件调查中止。McNulty回到重案组，通过伪造证据制造了流浪者连环杀人案。暗自联系记者，得到社会关注，最终争取到市长支持查案。McNulty将所得资源分配给警局的侦探使得多个案件取得重大进展

亚历克斯专门负责大型刑事案件的侦查和侦破。一名台湾女孩在一栋豪宅内遭受虐杀，连同她的私人保镖等人也都无一幸免，亚历克斯奉命接受此案的调查。而这起凶案似乎与环杀手迈克尔有关。他经验丰富、冷血残酷，总比警方快一步，每次犯案后都能顺利逃脱。为了挑衅亚历克斯，他在他们的结婚周年日给亚历克斯打了警告电话，并当着他的面杀死了他的妻子。亚历克斯失去妻子的痛苦，也激发他抓拿迈克尔的决心。而通过对虐杀案抽丝剥茧慢慢靠近谋杀案的真相时，重要的涉案关系人却一一遭到杀害。最后亚历克斯追寻到了一个只要你有钱任何梦想都可以实现的乐园