微型传说的战斗已经过了十年。在地球上，汽车人战士们发现了新的能源，也就是被称为“能量晶体”的奇特能源。在此同时，潜伏于UNICRON残骸中的ALPHA Q率领的恐惧兽军团开始朝着世界各地的能量晶体开采触进攻，也就在此时，密卡登转生成为惊破天，并且重新集结霸天虎成员 世界变成了汽车人、霸天虎和Alpha Q军团争夺能量晶体的战场。

变形金刚进入迷你大陆联合迷你战士挑战外族入侵！

影片将时间线拨回赛博坦时期，生活在赛博坦星球的擎天柱与威震天才20岁出头，是情同手足的朋友，此时他们还是没有变形能力的机器人，影片讲述了他们如何从手足变为死敌的起源故事。

《变形金刚：领袖的挑战》是变形金刚系列动画的最新一季作品，讲述的是在《变形金刚：领袖之证》系列动画最后一战过去的数年后，已故擎天柱的灵魂突然显现并指引着大黄蜂从塞伯坦来到地球以迎接新一轮的挑战 : 艾之墓监狱舰在皇冠城附近坠毁，羁押着霸天虎囚犯的休眠舱四散各地的故事。本季动画片最大的亮点在于拥有众多粉丝的大黄蜂终于可以开口说话，并当上了领袖。

汽车人总司令官·擎天柱及领袖卫队和霸天虎的战斗还在持续着，因霸天虎科学参谋·震荡波的实验而被再现的远古塞博特恩生物：巨狰狞却发生了暴走，其中最为强悍的几只巨狰狞逃到了地球，虽然擎天柱等人历经艰辛终于封印了其中最强的恶鬼大帝·冲云霄，但却不得不回到和霸天虎的战场上，追击其余巨狰狞的任务就交给了被称为刀剑太保的两组新汽车人小队，他们从战国时代就沉睡在日本，现在将被人类的少年唤醒，阻止巨狰狞干部·四鬼众复活冲云霄的计划，保护具有神秘力量的传说之碟，并将全部的巨狰狞再度封印。

五个汽车人军团中负责维修的汽车人机器人(擎天柱、大黄蜂、救护车、警车及隔板)找到了传说中的能量火种源，因而被牵涉到一场汽车人及霸天虎之间的大战。这场太空大战令到这五个汽车人被泄留在22世纪中期的底特律。在地球上认识了一个叫做莎莉桑达克的人类。

本剧描述世界出现一个新的变形金刚种族，他们得在博派、狂派、以及收养他们的人类之间，找到属于自己的位置和目标。马尔托家的少年兄妹莫和罗比在山洞中发现了一个发光的水池，池中有块石头。山洞里有神秘的声音称之为“希望的遗产”。之后，兄妹俩无意中激活了石头。奇怪的卷须从石头中冒出来，缠绕在孩子们的手臂上，然后融合成奇怪的机械手套在他们的手臂上。更令人震惊的是，两个小型变形金刚原身体开始从水中的能量中形成。他们就是地形者。兄妹俩决定把他们带回家，重要的任务是教他们学做变形金刚。当第一批地球诞生的变形金刚机器人人族焕发

巨无霸是一支由机器野兽组成的凶猛队伍，他们由汽车人进化而来，肩负保卫家园免受邪恶威震天侵害的任务。第一季讲述了巨无霸在他们的家园赛博坦星球上由昏迷转醒，却发现自己被威震天创造的无意识武装兽和新一代变形金刚追捕。巨无霸被迫进入地下，他们的野兽和机器人身体发生了奇怪的变化。巨无霸必须解放赛博坦星球，恢复其原本的有机生命形式。在这一季中，擎天柱、黄豹和黑寡妇等角色经历了重重挑战，逐步掌握了新的身体形态，并与威震天展开激烈对抗，试图拯救他们的星球。巨无霸们逐渐了解了他们新的变形能力的优势，开始团结起来推翻威震天的

这一季延续了前作的故事。所有变形金刚的火种都来自于矩阵，当他们死亡时，火种会回归矩阵，记忆也会伴随火种一起回归，矩阵会把这些记忆分解成数据进行分析，在分析中不断进行自我学习，最终实现系统的升级换代。擎天柱摧毁了他的世界，他必须在矩阵发生之前面对后果。巨无霸在击败巨狰狞后返回赛博坦星球，却发现所有居民的火种都被囚禁。擎天柱、黄豹和黑寡妇被迫变回兽形态，并失去了大部分记忆。他们在地下发现了核心电脑，那是一种超级计算机，从中可以获得新的科技有机体形态。巨无霸必须解放被囚禁的火种，帮助同伴银箭和犀牛解开自己的命运