故事内容延续第一部TV版《攻壳机动队 STAND ALONE COMPLEX》的剧情继续发展。但TV版的2部作品与剧场版无甚联系，可以看做是两个平行世界里发生的事情。这次TV版第2季的制作班底与第一部相同，同时剧情表达上和第一季一样，每话由不同故事构成，各自独立成章，却贯穿着同一条主线。在剧情上同时电影版导演押井守也参与了协力，不过电影版中凄凉的气氛没有在TV版第二季中体现。

1945年，第二次世界大战由于黑月与幻兽的出现而意外终结。50年过去了，日本仍然持续着与幻兽的激烈交战。远离战场前线的青森尚未出现过幻兽。毕业于东京军官养成学校“振武台”的精英女士官石田来到青森就任第108警护师团第4中队的中队长。可是在这个毫无实战经验的中队里，大部分队员都散漫松懈。就在这个时候，幻兽突然出现。在石田的指挥下，第4中队全体出击，可是第一次面对幻兽的队员们，他们采取的行动却令人意想不到……

一年战争终结七个月后的地球。吉翁公国军的残党组织，为了将现在作为共和国的本国复辟为公国而继续着战争。战争末期，在雷霆宙域全歼摩尔同胞团舰队的高机动精神力扎古的驾驶员——达利尔.洛伦兹，在失去了MS后降下地球，作为残党军的一员，负责针对联邦内部的军阀派系和南洋同盟的谍报任务。另一边，曾与达利尔展开死斗的伊奥被提拔为试作型MS——阿特拉斯高达的驾驶员，并被派遣往地球。新的战场，是留有殖民地坠落的伤痕的澳洲大陆的南洋……。

《机动战士高达SEED》是高达系列在2002年至2003年度放映的动画。续作为《机动战士高达SEED Destiny》在2004年播放。因各具魅力的角色，明星云集的声优阵容和高度商业化的宣传而受到较低龄观众层和女性观众的狂热追捧。与以往注重战争心理描写不同，本剧使用大量剧情描述几位主角间的情感纠葛，因而吸引一批从未看过高达的同好，引发高达系列的剧烈变化。

《MS动画图鉴 第二季》是对于机动战士敢达各机体的介绍短片，可以快速的了解机动战士敢达。

宇宙世纪 0079 年，SIDE 3「吉翁公国」正式对地球联邦政府宣战后将近一年时，在原本太空殖民卫星 SIDE 4「姆亚」的遗址「雷霆宙域」，一心想要夺回故土联邦军「姆亚同胞团」的「伊欧.弗莱明」少尉，与由战中失去肢体的吉翁军人所组成的实验狙击手部队「活死人师」的「戴瑞.罗伦兹」上士，各自怀着不同的目的与想法，爆发了激烈的攻防战……。

故事发生在接近现在的未来，政府成立了以救助人命为主要目的的组织“机动救急警察Hyper Rescue”，使用为警察、消防、救急各自的需求特化开发的“drive head”机体。通过适应性选拔出来的驾驶员是小学生，他们与大人合力共同维护人类的和平与安全。

　　由于第三次流砂现象，东京的一部分沉入泥泞之中。利用复兴作业中建造的高出力强化外骨骼“Willware”进行的犯罪日益增加，为了应对此事，警察厅警备局在吉祥寺分室新设了第五特别公安课第三机动强袭室第八系——通称“第八”。

在「破晓起义」后前往地球的夏亚，在那与拥有不可思议力量的少女──拉拉．逊相遇。另一方面，致力推动RX-78开发计划的阿姆罗父亲──提姆･雷，得到吉翁方面MS开发计划的核心人物──米诺夫斯基博士逃亡的消息，因而动身前往月球。在月球表面上的微光区域，展开人类史上首次的MS死斗战。时间来到宇宙世纪0079年——。距离地球最远的宇宙都市SIDE 3，以吉翁公国之名向地球联邦政府挑起独立战争。这场战争导致人类的总人口数一半死去，动乱的时代正要开始——。

宇宙世纪0071年。脱离SIDE 3，慕佐自治共和国后3年。吉翁‧兹姆‧戴肯的遗孤卡斯巴尔跟阿尔黛西亚兄妹，与金巴‧拉尔一起逃往地球，并寄住在提亚波罗‧玛斯家中，与爱德华、雪拉过着平稳的日子。而一直追踪他们的扎比家的魔手，悄悄地再次逼近…。此时，SIDE 3将国名更改为吉翁自治共和国。扎比家不但掌握实权，整个支配体制也日渐巩固，更开始着手开发对抗地球联邦军的最新兵器－机动工兵。