天才大侦探福尔马林，虽是丧尸，但智商一点也不比单细胞生物低！和普通丧尸不同，福尔马林通过换脑就能获得不同能力，随时变身古今中外各行强者！可谓是“没有解决不了的难题，只有买不到的大脑！”如此强大的福尔马林没有骄傲自满，为了正义与真相还有房租，他决意粉碎一切罪恶，破解所有的诡计。

就读帝丹高中的工藤新一（沟端淳平饰），是拥有过人推理能力的高中生名侦探。他的青梅竹马毛利兰（忽那汐里饰），则是曾经荣获冠军的空手道高手。新一与小兰虽然两心相许，但始终没有表白。有一天，当新一醒来之后，发现身处白色的密闭空间，而小兰就在自己身边，两人还被手铐铐在一起。接着新一又看到小兰的父亲——开设侦探事务所的毛利小五郎（阵内孝则饰），也倒在房间里。三个人完全想不起来为何会被关在这里，后来小五郎找到了一封给新一的信，信中表示这个白色房间是送给新一的礼物。

被黑暗组织的人灌下毒药，身体变小了的高中生侦探工藤新一，化名为江户川柯南隐藏身份，并一直在暗地里调查黑暗组织的情报。知道他真正身份的有阿笠博士以及灰原哀。灰原哀实际上曾是黑暗组织的一员。但由于姐姐被杀，灰原哀想从组织脱离，也喝下毒药，以小学生的形象隐藏身份。铃木集团的新饭店落成，受铃木集团大小姐铃木园子的邀请，柯南、小兰、阿笠博士，小哀等人都出席了宴会。宴会当中，吃了蛋糕的柯南和小哀发觉身体起了异常的变化。原来在蛋糕里，含有那种能让他们身体暂时恢复原样的酒精成分。柯南和小哀也因此变回了原本的样子……

在青梅竹马毛利兰的鼓动下，工藤新一半推半就地乘上了飞往京都的飞机，去观摩那里正在拍摄古装剧的毛利小五郎的表演。飞行途中，名叫一名摄影师毙命于洗手间，引起乘务组的恐慌。于是工藤新一就在1万英尺的高空展开了推理。好不容易来到京都拍摄场地，关于男主角樱庭的谋杀预告传来，不久更有一名女演员遇害。新一和对手服部平次展开了精彩的推理对决。

以敏锐推力解决无数困难案件的高中生侦探工藤新一深受媒体青睐，也得到了警视厅目暮警官的赏识。新一的学校决定举办为期三天的修学旅行。但在出行前一天，新一收到一封内容为“修学旅行中，我将绑架你的同学”的挑战书。上面还写着“只要保护好同学就是你赢，否则要你奉还‘高中生侦探’的名号。提示是船上”。新一和犯人之间即将展开生死搏斗！

这是工藤新一变成江户川柯南100天前的故事。高中生侦探工藤新一(沟端淳平饰)和毛利兰(忽那汐里饰)一起去深山里的圆月村。在那个村子里流传着巨大的伯劳鸟袭击村人，并像贡品一样挂到树上的大鸟传说。村子里将在3天后举行大鸟的灵魂平息祭典。而工藤新一将一步步解开村子内的怪鸟传说之谜。

欧阳伟业（古天乐 饰），一个平平无奇的私家侦探，却在一次跟踪行动中，意外被卷入一起骇人血案——妙龄女子惨遭虐杀，狰狞血痕遍布颈间！然而，这仅仅是一个开始，离奇的雨夜车祸、无辜女性被逼殉情、准新娘婚前惨遭毒手……当潘多拉魔盒在血色中开启，一场以情债为名的猎杀游戏正式开启。　　血色倒计时即将归零，你，是否敢窥探银幕上的这场桃色献祭？躺在病床上的神秘女人，封闭豪宅里的殉情仪式，这场交织着情欲与复仇的罪恶之网，到底还隐藏着哪些不为人知的终极秘密？大尺度桃色罪案即将掀开血腥的一角……

四位侦探通过对神秘电话的追踪和调查，成功解救了小亨，但钻石却落入黑衣人之手。他们跟着黑衣人来到柢酷星球，却发现柢酷星球此刻正在遭受一群怪鸟的侵袭。侦探们调查后发现这些鸟类来自蓝塔星球，木木豆四人又来到蓝塔星球，发现这里的居民正在遭受怪水的困扰。四人经过几番勘察，终于发现了白色怪花——曼陀罗的秘密。四人根据白色曼陀罗的线索，一路追踪来到塔拉海。经过几番周折，终于剿灭了黑暗组织在海底的秘密基地。

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大家最爱的少年侦探们将开启一段难忘的新英格兰探险之旅。他们将要侦察一家历史悠久的殖民旅馆里的幽灵事件，而这旅馆其实是一家无与伦比的美食度假村。