故事的主人公是喜欢魔法的高中生黒羽快斗，他的父亲是在8年前因事故而死亡的大魔法师·黒羽盗一。某日，他在房间一栋隐秘门中发现传说中的怪盗基德的衣服，于是他打算会见基德。在那里，他遇到了父亲过去的同伴·寺井，并得知父亲就是怪盗基德，而且死因不是事故死而是他杀。于是，快斗为查出杀害父亲的犯人，而自己成为了基德。本作和《名侦探柯南》有不少共通点。例如怪盗基德在两作中均有出现、迷之组织的登场、主人公真正身份不被世人所知，等等，感觉就像是融合了魔法元素的柯南。

鸭川朗真是一名住在离东京不远的乡村小镇的少年，不擅长与周围的环境相处的他，与同样和周围格格不入的御手洗北斗组成了只有他们两个人的小队“橡果兄弟”。这种关系即便是在北斗在东京上高中而分别后，也仍然维持不变。朗真高中一年级的暑假，从“橡果兄弟”的新成员佐久间雫的一句漫不经心的“喂，你看不起这个世界吗”开始。由于被雫的话所牵连，朗真被当成了森林火灾的犯人。为了寻找自己无罪的证据，朗真开始寻找一架消失在天空中的无人机。他们三人在这个夏天的小冒险，最终发展成了一场改变他们“LIFE”的大冒险。