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2002年日本发生多宗奇怪的人口失踪案，实习记者城户真司为了调查此事，前往其中一个受害者的家中调查，并在房间内发现了一个名为卡片套匣的道具。为了阻止镜中怪物袭击人类，真司情急之下使用卡片套匣的力量变身为假面骑士前往了怪物所在的镜中世界，并认识了另一位假面骑士秋山莲和神崎士郎的妹妹神崎优衣。随后真司才得知了卡片套匣的秘密以及围绕着神崎士郎所进行的13位假面骑士之间围绕着自己愿望的战斗——最后活着的假面骑士可以实现自己的愿望。 在与镜中怪物订下契约后，成为假面骑士龙骑的城户真司决心为了消灭怪物

一个倒霉到家的少年野上良太郎，因为意外被不良少年们缠上，也因此无意间捡到了叶奈所遗失的通行证，路上又被异魔神悄悄附身。机缘巧合下良太郎打开了通往时间列车的门，并且遇上了列车员直美却觉得没有异状..... 之后叶奈告诉良太郎关于特异点以及电王的事情，他们遇上了被异魔神附身的不良少年...良太郎与众异魔神共同战斗、搞笑、悲伤的故事就从一句"本大爷登场"展开。

在未知生命体全部被消灭后的两年，人类迎来了短暂的和平。但海滩上突然出现的神秘欧帕兹，打破了这一和平。城市中再度出现了人类离奇死亡的案件，这次残杀人们的凶手是新的敌人——不明物体。它们拥有着人类无法匹敌的神秘力量，就连专门为之成立的G3小队也对它们毫无办法。失去记忆的开朗少年津上翔一，暂住在美杉教授家中，与美杉教授的侄女风谷真鱼、儿子美杉太一一起生活。但隐藏在翔一天真笑容背后的，其实是神秘的英雄——假面骑士亚极陀。每当不明物体出现残杀人类时，他便会受到感应前去消灭它们。愈发强大的不明物体、津上翔一过去的记忆

"住在九州的少女园田真理梦想成为一名美发师，她是一名孤儿，小时候被大企业智脑公司的社长收养。有一天，她突然收到了养父寄给她的特殊变身工具“555设备”，为了弄清楚是怎么一回事，她准备前往东京寻找她的养父。在路途中，她遇到了一个没有梦想、四处旅行的青年——乾巧，他们因为拿错包而起了纠纷。随后，一个不明怪物“俄尔以诺”袭击了他们，情急之下真理想利用555腰带变身，但设备却一直提示出错。在千钧一发之际，真理将腰带套到了乾巧的身上，没想到乾巧竟然成功变身成了假面骑士555，并打败了俄尔以诺。此后

故事以TV版为基础，战斗所剩下的骑士只有六人：城户真司、秋山莲、北冈秀一，浅仓威，雾岛美穗和一位神秘骑士。雾岛美穗成为假面骑士骑士的目的是要杀死浅仓为姐姐报仇，并让姐姐复活。 为了报仇的美穗不理真司的阻止，仍多次与浅仓战斗，却反而令自己陷入危机，当浅仓向美穗下毒手时，龙牙突然出现解救美穗，并以强大的力量将王蛇压倒 ，令美穗成功杀死浅仓。 由于美穗以为是真司救了她，便相约他出来吃东西希望报答他，而真司和美穗的感情亦得以发展，可惜这个美好时刻却被邪恶的假面骑士龙牙破坏。镜中世界的真司假冒真正的真司袭击美穗，美

很久以前，在某个岛屿上有一对鬼兄弟，他们带领鬼族向人们发起了攻击。人们奋力反抗，但总是失败。鬼兄弟拥有一块被称为“鬼令”的石头，拥有神奇的力量。在某次战役中，一位姑娘用弓箭把“鬼令”劈成了两半，成功地击退了鬼族。随着岁月的流逝，到了19世纪80年代。一位叫佑的东京少年，因为失去母亲，他从东京来到了住在乡下的奶奶身边。从小在城市长大的佑无法适应乡下的生活，总是被同学欺负。他希望有一天能再次回到东京，结果在无意中被一群可怕的家伙袭击了。关键时刻，天津四和新电王出现，救下了佑。因为时空的错乱，当年的鬼族再次出现

宇宙突如其来的陨石，财团X为了取得附在其表面的物质而派员采集，传说中的7人骑士分别在世界各地阻止他们的行动。核心硬币与天文装置，就是财团X接下来的目的。因陨石的冲击导致空间扭曲，制造出虫洞连接40年后的时代的未来（2051年）。使用未来核心硬币的假面骑士波塞冬因此来到40年前的现代的现在（2011年），战斗的欲望驱使他企图消灭此年代的假面骑士。

在不久的未来，世界已经被智脑公司所统治。世界上的大多数人类都被智脑公司变成了怪人“俄尔以诺”，残存下来的人类仅有2433人，他们组成反抗军，以女主角园田真理为中心，躲在角落里苟延残喘。而假面骑士555是人类的救世主，其变身者乾巧，在智脑公司发动的总攻下被打败，目前生死不明。智脑公司为了对付余下的假面骑士凯撒，开发出了最强的假面骑士腰带“帝王腰带”。面对利用帝王腰带变身的强大邪恶假面骑士，反抗军无力对抗。难道人类真的就要就此灭绝了吗？心灰意冷的园田真理在空无一人的舞会上独自落泪，就在这时她的背后出现了一个一

在繁华的大都市内，不断发生神秘的杀人事件，而且命案现场总在播放当红偶像千春的歌曲《白金般的微笑》。本作的主人公本乡猛在一所学校内当高中生物老师。他的班里有一个叫菊间琴美的女生，她和千春是好朋友。但因为最近一直联系不上千春，琴美非常担心朋友的安危，便展开了调查。突然，怪人们出现在了琴美的面前，在千钧一发之际，本乡猛及时出现救了她一命。本乡和琴美一起前去寻找千春的哥哥，而千春的哥哥风见志郎是新兴互联网公司的老板。让人没有想到的是，风见志郎居然是经过改造的假面骑士胜利三号。假面骑士胜利三号率领其他怪人攻击本乡，

本作为平成假面骑士系列第15部纪念作，及纪念原作者石之森章太郎诞生75周年的首部剧场版。魅影余党之一的食人魔作乱，为了令自身力量变得强大而把同类当作饵食，指环之魔法使操真晴人（假面骑士巫骑）因体内寄宿魅影的关系而被对方盯上。再次赴上战场迎战时，本已逝去的历竟然出现在面前并变身成为白色魔法使。