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一团硕大无朋的高能离子云，在遥远而神秘的太空中迅疾地飘移。这团能量云具有无坚不摧的威力，足以毁灭宇宙间任何物质结构。在它所划过的轨迹上，早已有好几艘分属银河三大势力的星舰遇难了……地球-银河系星球联邦的重镇，星际舰队总部的所在地。在位于北美洲旧金山的星际联邦舰队总部，寇克将军正像往常一样百无聊赖无所事事，突然间却接到了一个再好不过的命令检视企业号准备执行紧急任务。原来地球的防卫体系己经发现了那团高能离子云，而且侦测出它正对准地球飞来。寇克将军的任务，就是要赶在它到达地球之前，率领企业号先迎上去一探究竟。阔

本片是《星舰迷航记》系列电影的第五集，由原班人马主演，但改由饰演寇克船长的威廉·赛特纳执导，也是他的导演处女作。故事描述一名神秘的疯狂幻想家赛布克占领了一个遥远的星球，劫持星际大使作人质，强迫企业号宇宙飞船紧急出发，进入没有人做访过的未知宇宙去寻找传说中的上帝，但上帝到底是谁呢？本片的开场颇具震撼力，可惜发展下去难以为继，使大部分的篇幅在过分玄奥的故事框架中兴圈子，只能靠壮观的视觉特效维持其吸引力，幸好结局是略有起色，不致令观众太过失望。正在基地修整的企业号接受了一项紧急任务，科克船长一行奉命到属于中立区

星际联邦的大敌克林贡帝国因为连年争战，经济及生态环境破坏殆尽，一位克林贡领袖遂在进取号星舰的护送下前往地球谈和，中途却遭到阴谋份子暗杀，并且嫁祸进取号…

2285年，在与可汗的战斗中损坏的联邦星舰进取号，返回了地球的太空港以进行维修。柯克还在为斯波克的死感到悲伤。麦科伊医生出现了种种异常的行为：如擅自闯入被封锁的斯波克原来的舱房、胡言乱语等，最后他被送进了医院进行精神检查。斯科提被另分派到了联邦星舰精进号。星际舰队指挥部对新形成的创世星下达了禁入令。柯克被告知，进取号即将除役。斯波克的父亲沙瑞克找到柯克并告诉他，斯波克的遗体必须返回瓦肯星，否则他的灵魂就不得安息。沙瑞克要求柯克必须回到创世星，寻回斯波克的遗棺并将它带回瓦肯星——而斯波克临死前与麦科伊进行了

太空探测器发出的怪声导致地球风暴，并面临自毁的威胁。寇克船长和他们的船员再度担负起拯救人类的使命。他们发现怪声其实是座头鲸的呼唤，唯一的选择就是回到20世纪去带回一只座头鲸来对探测器作出回应。

邪恶的可汗逃脱十五年前被寇克船长拘禁的星球，他本人是一位智勇双全的领袖，但此刻已变成一个邪恶的狂人，他誓言要向寇克船长讨回血仇。于是他先劫持了一艘联邦战舰，后又偷取了寇克船长的儿子和旧情人制造的毁灭性武器。并引诱企业号投入他精心设计的圈套……

玛莎经历了渣男出轨后失恋，在这段痛苦的期间遇到了一个男人，几乎是一见钟情，两人在第一次见面时男人就向她提出了约会邀请。他告诉她自己几分钟前刚杀了人，她以为他在开玩笑。他似乎很适合她，就像一个完美的恋人。然而，随着他们的关系的发展，她发现他的不寻常，她甚至不知道他的名字，但他的风趣和疯狂却令她着迷...

两高中生恶作剧，潜入一退伍老人房中，安放了一些监控设备及控制房间照明、门窗、音响等的设备。接下来遥控这些设备，给老人造成屋中有鬼等现象，以查看老人反映。而老人的各种反常的行为更是让他们感到事情的异常……

进取号正在宇宙空间做例行巡航时，舰长皮卡德接到密电，称博格人已联合其他星系的力量，准备向地球发起攻击。由于舰长皮卡德曾受敌方俘虏并同化，星际舰队对其不很信任，故没有派其出战。皮卡德不顾命令，仍然参与战斗，之后进取号跟随博格人的时间漩涡回到21世纪，以阻挡博格人试图改变人类的外星发展史达到征服地球的企图。

一个在财政上出现问题的马戏团，为了让团员继续作一整季的表演，签下了有着名空中飞人圣巴斯蒂安加盟的演出。这使一心想在新一季成名的女空中飞人哈莉大为不满，另外经理布莱特为了事业一直刻意冷落暗恋他的哈莉。蒂安却因一次表演危险性高的动作发生意外，跌断了一只手而断送了表演前途。同时一名十年前失手杀妻的医生以小丑身份在马戏团里表演，后因火车翻覆而救布莱特，被警察发现...