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奇幻世界左开山（创界山）众神云集，山分为七层，然罪恶之神多古达统治了这个世界后，其邪恶部众把守左开山各层要地。黑暗降临，连美丽的彩虹也变成了灰色。四年级小学生战部渡（瓦塔诺）在神明的召唤下进入奇幻世界，他操纵着龙神丸与虎王、剑部施巴拉古大师以及忍部火美子（希米格）等好友为恢复左开山的光明，与多古达的暗黑军团展开一连串激烈的战斗。

东京明和银行职员中山雄吾坠楼身亡，搜查一课刑警伊丹宪一率队赶赴现场，结果遭遇了颇令他头疼的警视厅电脑犯罪对策课的专门搜查官岩月彬。原来中山生前曾以Justice11的ID在网络上上传散布大量疑似银行内幕信息的数据，其行为早已引起岩月彬及其同僚的注意。

进入了明治时代，曾经的“刽子手拔刀斋”绯村剑心已经习惯了神谷道场的安宁生活。谁知就在这一天，倒幕战争时的旧友——号称维新三杰之一的大久保利通将其请去。原来继承了剑心刽子手身份的志志雄真实当年被新政府背叛，侥幸活下来的志志雄正秘密筹措称霸日本的可怕计划。

为了救神谷薰，绯村剑心纵身跃入大海，昏迷中他飘到某座小岛，最终为传授了他飞天御剑流的师父比古清十郎所救。深感到自身与志志雄真实的巨大差距，为了拯救全日本，剑心恳请师傅传授他飞天御剑流的最高奥义。与此同时，志志雄剑指东京，迈出武力夺国的下一步。

经历了动荡的明治维新，日本迎来新的时代。在明治政府第十个年头，不祥的气息弥漫东京。恶德实业家武田观柳操纵女医师高荷惠研制新型鸦片，公开招揽落魄武夫，大肆收购周边土地，有条不紊地实现他的狼子野心。在此期间，以刽子手拔刀斋之名滥杀无辜的鹈堂刃卫引起了前新選组头目斋藤一的注意，也迫令隐姓埋名多年的拔刀斋本尊绯村剑心登场。

1995年公映的动画《攻壳机动队》是押井守的经典名作。《攻壳机动队2.0》是则为1995年旧作的革新进化版。它在剧情上并没有什么变化，但最新数码技术的彻底运用令其焕发出崭新的魅力和震撼人心的视听效果。影片的部分镜头重新制为3DCG，画面细腻华美；所有配乐由川井宪次重新混音录制，采用6.1声道技术；而音响效果则由美国的Skywalker Sound公司承接制作。人物配音也全部重录，声优阵容基本沿用原班人马，只有“人形使”换成了榊原良子。

因杀害男朋友而遭遇六年牢狱之灾的前美发师矢岛圣美，由于狱中表现良好得以假释。谁曾想仅仅三个多小时过后，圣美便向警方投案自首，坦白杀害了一名男性。但是警方调查后惊讶地发现，死者早在一周前便遇害，圣美显然在替某人背负罪名。未过多久，圣美一案移交紧急审讯室。面对真壁有希子和小石川春夫的盘问，圣美三缄其口，坚称只有直播审讯全过程才会道出真相。

发生多起音乐家被暗杀的连续杀人事件。r被杀害的被害人，都是著名钢琴家所带领的音乐学院毕业生。r而他一手创立的音乐厅落成启用，首次特地举办音乐会特别邀请柯南一行人担任与会嘉宾。音乐会的焦点在于巴哈所弹奏的管风琴以及世界著名的小提琴“史特拉第瓦里”的音色，再加上具有绝对音感天才歌手的歌声。但是，就在音乐会活动日开始之前，陆续发生多起可疑事件。然而就在活动当天，柯南一行人所在的音乐会会场突然发生大爆炸。没多久，整个会场就被浓烈的火海所包围…。

有一天众多企业在米花市政大楼，共同进行了一种新的游戏“茧”的成果发表会。玩家可透过这个游戏，进入虚拟世界中，体验实地游玩游戏的快感。r但是在这个同时，汤玛斯辛多拉董事长基于某些动机，杀害了工藤优作的朋友樫村忠彬，后来被揭发罪行。r在另外一边正式启动的“茧”，被泽田弘树所开发的诺亚方舟程式入侵，使整个游戏变成了一场生存游戏。眼看着未出局的人数越来越少，柯南如何挽救50个人的性命呢？......

几次作为救世主拯救了创界山危机的战部渡，面临着最大的危机。小渡受到召唤，再一次来到了危机四伏的创界山，在那里看到的是像海市蜃楼一样颠倒的世界，就连龙神丸也被邪恶的力量封闭，变得七零八落。失去了龙神丸的小渡，和虎王等小伙伴一起，再次踏上了拯救创界山的征途！