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为了救神谷薰，绯村剑心纵身跃入大海，昏迷中他飘到某座小岛，最终为传授了他飞天御剑流的师父比古清十郎所救。深感到自身与志志雄真实的巨大差距，为了拯救全日本，剑心恳请师傅传授他飞天御剑流的最高奥义。与此同时，志志雄剑指东京，迈出武力夺国的下一步。

进入了明治时代，曾经的“刽子手拔刀斋”绯村剑心已经习惯了神谷道场的安宁生活。谁知就在这一天，倒幕战争时的旧友——号称维新三杰之一的大久保利通将其请去。原来继承了剑心刽子手身份的志志雄真实当年被新政府背叛，侥幸活下来的志志雄正秘密筹措称霸日本的可怕计划。

16岁的碧郎生长在一个信奉天主教的家庭。父亲是个不出名作家，每天奋笔疾书，不问家事；继母患手足风湿痛，长年卧病在床。所有的家务都落在长女阿玄一人身上。青春孟浪的碧郎不理解姐姐的辛苦，成天抱怨寒酸的家境和饭菜。他 在学校无心学业，或者打架斗殴，或者结伴偷窃，最终被学校除名。转入新校的碧郎继续玩乐的生活，桌球、骑马、赛艇，不仅增加了家中的压力，还令姐姐担心不已。17岁那年，碧郎被诊断出患有肺结核。时光将尽，他才懂得珍惜身边的亲人……

时间从初中直接跳到了大学。虽然课还有去上，打工也有做，纯依然还是过着家里蹲般的生活。某日在打工的店收到退回来的一本教导如何制作人偶的神秘杂志，纯受到了冲击。回家之后发现又寄来的杂志的第2期和附赠的人偶零件，并得知只要能凑齐这些杂志附送的零件便可以组装得到第5人偶真红。纯接受了邀请并开始组装零件，在数期之后却接到了神秘杂志社的休刊通知，并得知由于第7人偶雪华绮晶的干扰，零件也无法送到，需要纯自己去N之领域去拿；同一时刻还收到了一封来自过去的自己所发来的简讯，声称由于雪华绮晶的力量过于强大无法与其匹敌而需要借

依傍大海的美丽小镇恒春上，音乐梦想在台北遭受打击的年轻人阿嘉冷眼旁观着一切。虽在民代主席后父的帮忙下成了代班邮差，信件和邮包却被他乱堆在房间，而对一个寄自日本的无法送至的邮包，他也没按老邮差茂伯的吩咐将之退回，而是私自拆阅查看：里面除一张泛黄的少女照片，是几封写于60年前的信件。

七个具有生命的人偶，七个美丽夺目的少女，她们已经超越人偶的存在，拥有不变的容颜，强大的力量。但却没有一个是父亲心里最完美的爱丽丝。痛苦的罗真消身匿迹，留下的蔷薇少女们。为了见到父亲，为了得到父亲的爱，她们坚信只要将姐妹体内的蔷薇圣母聚集到一起，便可以进化成为爱丽丝。罗真制造的七个蔷薇少女的传说，最终演变成一场她们自相残杀的战斗，但是这场战斗有个美丽的名字——AliceGame。就这样作为唯一的梦想，唯一活着的理由，她们不断觉醒又不断沉睡，与不同人缔结契约，在N之梦境中不断寻找姐妹战斗。

在不久的将来，电子技术飞速发展，电脑，成为人们生活中不可或缺的一部分。而有着可爱亦或帅气外表的人型电脑则更是受人们的喜爱。本须和秀树，一位因为大学入学考试失败而来到东京上补习班准备重考的19岁青年，他在一间居酒屋“乐意之至”里打工，每天过着贫穷潦倒的生活。有一天，他很好运的在垃圾堆捡到一位拥有可爱少女外表的人型电脑。秀树抱着她返回家中，好不容易把她启动了，但她什么也不懂，只会发出“叽（日文ちぃ）”的声音，所以秀树就给她起名为“小叽（ちぃ）”。小叽安装有学习程式，因此可以通过教导她来使得她成长。于是秀树开始

容姿端丽、成绩优秀、运动万能，任谁都非常憧憬的完美女高中生土间埋，却在回到家后就变成如同干物一般的妹妹“干物妹”。漫画、动画、游戏、网络、可乐、薯片……被喜欢的东西包围着，度过着最棒的无所事事的时光。知道她这副样子的，只有和她住在一起的哥哥大平一个人而已。

七个具有生命的人偶，七个美丽夺目的少女，她们已经超越人偶的存在，拥有不变的容颜，强大的力量。但却没有一个是父亲心里最完美的爱丽丝。痛苦的罗真消身匿迹，留下的蔷薇少女们。为了见到父亲，为了得到父亲的爱，她们坚信只要将姐妹体内的蔷薇圣母聚集到一起，便可以进化成为爱丽丝。罗真制造的七个蔷薇少女的传说，最终演变成一场她们自相残杀的战斗，但是这场战斗有个美丽的名字——Alice Game。就这样作为唯一的梦想，唯一活着的理由，她们不断觉醒又不断沉睡，与不同人缔结契约，在N之梦境中不断寻找姐妹战斗。

F班的相原琴子自高中开学典礼以来，一直暗恋A班IQ高达200的天才帅哥入江直树。在某天听到流星雨来临的消息时立即许下愿望，决定第二天一早勇敢表白。不料被入江直树狠心拒绝，甚至此事全校皆知，唯有琴子的两个死党和喜欢她的金之助来安慰她。琴子父女俩准备搬入新家，没想到被不明流星击中，房子毁于一旦，父女俩只好暂住在许久没联系的父亲的老同学家，谁料这竟然是入江直树一家人。琴子与直树的同居生活开始。