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混混阿华（刘德华）做事利落重情义，颇有老大风范，为了照顾做事冲动又好面子的小弟乌蝇（张学友），他不停地在各种大小麻烦中周旋，甚至不惜为乌蝇与黑道狠角色（万梓良）结仇。阿华表妹阿娥（张曼玉）前来旺角看病暂住他家，两人慢慢互生情愫，但因为担心自己的身份最终会给阿娥带来伤害，阿华选择了将心事埋藏。待阿华明白真情抑压不住想对命运做番抵抗时，乌蝇却再次因好面子面临生命危险，于是一道友情与爱情必选其一的难题重又摆在阿华面前...

1960年代的香港，因生母在阿飞旭仔（张国荣 饰）长大成人过程中的缺失，他把自己优雅地比喻为“无脚鸟”，对生命中遇到的每一个女人都表现得放荡不羁，售票员苏丽珍（张曼玉 饰）和舞女咪咪（刘嘉玲 饰）先后令他感受过温暖，可是她们也只能当当小情人。为摆脱沉重和无力感，旭仔抛下一切去南洋找寻生母...

因犯事而被判入狱之弱智成年人肥猫获保释，社会工作者玛姬奉命派往照料肥猫，玛姬接肥猫出狱，并带他去离岛拜祭父母，因交通意外二人分开，肥猫独自流浪。肥猫得一老人五叔公收留，由于其简单乐观性格，很得村人好感，更化解老人与隔壁青年之误会，三人成为好友，肥猫快乐的渡过了一段时间。

结婚生子后的冬冬过着相夫教子的的日子，但世界并不太平。经历过核爆炸后，世界面临水荒，但却有一家神秘的净水公司控制着纯净水并从中谋取暴利，甚至遏制了整个社会的命脉。此时，一位名叫长空的人被推到台前，成为其背后势力反政府的领袖。然而，不久长空被杀，杀手将此罪责嫁祸给冬冬的老公，他也是当时的公安局长。局长因此被杀，冬冬也被捕，军长趁机发动了政变…

同在一个修车店工作的烂口发、交通灯还有吴准少是同事也是好友，他们都不屑老板刘定坚的吝啬刻薄。烂口发因不堪女友的势利眼母亲而忍痛与女友分开了。刘定坚建议伙计们一起跟廉价旅行团到槟城游玩，但到达才知道这个旅行团是货不对版的。但在槟城，烂口发等人认识了在当地拍广告的董董与其好友蚊滋。烂口发想进一步接近董董，便假装自己是富家公子，董董也同样以富家女的身份欺骗对方…

生前是过气女歌星的女鬼徐半香（张曼玉），算准某名将要临盆的孕妇会于某间医院生产，准备投胎重新做人，不想，该孕妇被摇身变作某所高中教师的开心鬼（黄百鸣）送错医院，徐半香错过投胎时机。为泄心头之恨，徐半香开始想方设法捉弄开心鬼，最甚一次，她附身开心鬼班里女班长（袁洁莹），令她跑到夜总会稀里糊涂地大闹了一场，结果在该家夜总会寻欢作乐的一群流氓被抓，开心鬼受到无辜牵连，徐半香又得意又担忧之时，开心鬼却用爱来感化她，眼看皆大欢喜，出狱后的流氓不请自来。

孤儿阿飞传说自小由鱼群抚养长大，因此身手不凡。不过阿飞却对功名不感兴趣，在渔村过着逍遥自在的生活。一次偶然机会，阿飞结识了前朝遗民燕十三，两日成立莫逆之交。为了帮助燕十三与兰陵国君一起从十四太子手中夺回王位，阿飞前往兰陵国救出了兰陵国君及其女月牙儿。

东东与心靖年幼时得到武林高手的收养，传授她们武功望她们能长大后行侠仗义。同是孤儿的两人情同姐妹。不料心靖在12岁时被抓走，从此失去音信。东东长大后嫁给了警官刘启文，生下女儿后当上了贤妻良母。多年来她一直向家人隐瞒自己的身份，但夫妻俩之间却因为这样变得疏远。当年心靖被清朝宦官陈公公抓走，用毒液洗去了她记忆后利用她的好身手干着坏事。陈七也是公公的手下，生性不羁，她中毒并不深，记忆不久便恢复了。她跟东东一般富有正义感但视钱如命，三人在一次偷取婴儿的争斗中相遇了...

1966年，从新加坡返回香港想忘掉过去的周慕云住进东方酒店的、同他曾经熟悉的数字2046只差一号的2047号房，开始了他的卖文生涯。眼前、曾经在他身边出现过的一个个女人经过他大脑的过影后，令他对时空产生疑惑，不但忘不了过去，一幕幕往事反而更加挥之不去。为了与过去作更好的告别，他将生活的点点滴滴化为文字，写下小说《2046》（说只要搭上了前往2046的列车，人们就可以找回失去的记忆）

陈家驹（成龙 饰）远赴大陆，化身囚犯打入国际军火毒品走私集团的内部。在大陆公安杨建华（杨紫琼 饰）的帮助下，家驹顺利接近了正在服刑的集团成员豹强（元华 饰）。豹强视家驹为心腹，和他策划越狱行动，为了放长线，家驹爽快应承了。