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在东京某个位于西国立市的神社内，有三名可疑的男子正在密谈。突然有个戴着假面具的黑影男人出现，他用日本刀和弓箭在瞬间将三人杀害。与此同时，在大阪、京都也相继发生了杀人事件。警方在经过调查后发现，被杀害的五人都是出没于东京、大阪、京都三地，专门偷窃著名佛像及艺术品的窃盗集团“源氏萤”的成员。这个集团以日本历史上最有名的悲剧武将——源义经的故事《义经记》为名，首脑化名“义经”，部下则以“弁庆”为首，各自以家将姓名相称。另一方面，小五郎带着柯南、小兰和园子来到了京都。八年前，位于京都的古老寺院——山能寺中的一尊国

《剧场版 再见了假面骑士电王 最后的倒计时》为《假面骑士电王》的剧场版，2008年上映，故事描绘了假面骑士电王的最后一场战斗。桃塔罗斯一行人结束了与异魔神们的战斗，终于过上了悠闲的生活。但最近，街头巷尾盛传，出现了一辆神秘的幽灵列车。叶奈与桃塔罗斯等4位异魔神一起出发寻找，却遇上了遭到绑架的良太郎。在敌人凌厉的攻势下，前来帮忙的侑斗身受重伤。这时，新一任假面骑士电王搭乘着崭新的时空列车前来力挽狂澜！混战中，桃塔罗斯找到了机会和良太郎对话。于是，以良太郎所言——“保护象”和一张车票为线索，桃塔罗斯一行人坐上

柯南和少年侦探团在参观一座西多摩新建的双子摩天大楼时，意外的发现了黑暗组织成员琴酒(Gin)。随后又发生了杀人事件。r杀人事件还在继续，共同点是每名死者身边都会留下一个小的酒杯。就在柯南和少年侦探团寻找凶手的时候，琴酒也得知他正在寻找的叛徒雪莉将在不久之后参加西多摩双子大楼的落成典礼，并准备在典礼上将她刺杀。r在典礼会场上，短暂的黑暗之后又有一人被害。现场也留下了小酒杯，显示凶手和之前的为同一人。就在警方和毛利小五郎调查案件的时候，琴酒引爆了藏在大楼内的炸药，销毁了黑暗组织和常磐财团的交易证据，同时将楼顶

柯南、灰原、步美、光彦、元太随博士露营回来，他们绕道去参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼，毛利小五郎恰巧也应双塔所有者、他的学妹常盘美绪之邀，携小兰、园子参加开幕典礼。参观期间灰原的举动异常。大木提前入住B塔被害，目暮警官着手调查，发现他与美绪似有不同寻常关系，不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似的小酒杯碎片，两起案件似系一人所为。柯南由小酒杯联想到灰原曾效力的、以酒名为绰号的黑暗组织，并注意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。与此同时，他找到灰原举动异常的原因，

《剧场版 假面骑士剑 遗失的王牌》是平成假面骑士系列第四部剧场版，也是《假面骑士剑》的剧场版。4年前，连同小丑——相川始在内的53个不死生物都被封印了，身为假面骑士的剑崎一真、橘朔也、上城睦月三人，也终于可以不用再战斗了。他们和白井虎太郎、广濑栞等人，一起回归普通人的生活，各自寻求自己的新人生。但大家都没想到的是，在一段平静的日子后，不死生物居然又再度出现，并要对栗原天音下手！更让人难以相信的是，剑崎他们见到了以前从未见过的3位新假面骑士。3位新假面骑士告诉剑崎，“你们的时代已经结束了”。新时代已经不再需

这日柯南、小兰一行人来到米花町市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说作家工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。然而游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。 50名体验者刚分别进入一个外型

很久以前，在某个岛屿上有一对鬼兄弟，他们带领鬼族向人们发起了攻击。人们奋力反抗，但总是失败。鬼兄弟拥有一块被称为“鬼令”的石头，拥有神奇的力量。在某次战役中，一位姑娘用弓箭把“鬼令”劈成了两半，成功地击退了鬼族。随着岁月的流逝，到了19世纪80年代。一位叫佑的东京少年，因为失去母亲，他从东京来到了住在乡下的奶奶身边。从小在城市长大的佑无法适应乡下的生活，总是被同学欺负。他希望有一天能再次回到东京，结果在无意中被一群可怕的家伙袭击了。关键时刻，天津四和新电王出现，救下了佑。因为时空的错乱，当年的鬼族再次出现

　　在神秘委托者的招待下，小五郎与柯南一行人来到了横滨。一行人受邀来到一座巨大城堡，没想到却掉入黑影的神秘男子所设下的陷阱。小兰、灰原与少年侦探团，也因此落入敌人手中成为人质。时间限制为12个小时，如果不在时间内解开男子所出的谜题，小兰他们身上的炸弹就会爆炸。 r　　“你能了解失去心爱的人，是什么样的心情吗？工藤” r　　这名男子居然知道柯南其实就是工藤新一？！这名男子的真正身份，难道是…… r　　就在同时，“关西的高中生侦探”服部平次的儿时玩伴和叶也被抓走（因为手上有炸弹而受到威胁，并非抓走）成为了人质

专针对警察的连续杀人案件发生了，警察内部引起巨大的回响。对于想得到案件情报的小五郎，目暮警部却意外地守口如瓶。看到如此情况的柯南，联想到事情可能和警察部有莫大的关系。然后，下一个被枪击的目标居然是佐藤刑警!刚巧在案发现埸出现的小兰受到案件的刺激而被弄至失忆!犯人为了杀人灭口，于是企图把唯一的目击证人杀害!深知情况严重的柯南，为了保护小兰，不惜孤身犯险去把犯人找出来!

故事以15年前的北大西洋上一件海难作序幕，这宗海难是有一艘在深夜浓雾中航行的货轮引起。由于未能及时发现航道上有巨大冰山，导致猛烈撞击后引擎室受到重创，整艘船也在不久后彻底沉没。虽然大多数船员顺利获救，但船长与一名船员还是不幸罹难。r而在15年后的东京大都会，大财团的著名设计师在驾车时，突然心脏病发作。连人带车冲向山谷，车子并在坠落山谷后起火燃烧，设计师即场气绝身亡。这两宗分别发生于两个不同年代的意外，绝对预料不到，但是居然是一场天大阴谋的序幕。r幕后黑手选择了豪华邮轮“爱芙罗黛蒂号”，作为展开阴谋的地点。