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因双亲要在海外出差，所以一人留在日本的主人公以一年为期限住在了舅父的家里。之后转校到八十神高中的他得知一个深夜电视的传言在雨夜的十二时，只要看着关闭着的电视屏上自己的脸，就会浮现出另一个人的映像。主人公与同伴为了确认这一传言是否属实，不料被拉进了异空间，在那里被称为暗影的怪物袭击，与怪物接触时主角一行人的Persoa能力觉醒。为了掘开深夜电视与连续杀人事件之间的关系，以及避免其他人被卷入该事件，他们组成了特别搜查队展开了战斗。

哈特是一只被草食性恐龙养大的霸王龙。其实，早在它破壳而出时，草食性恐龙的首领就曾命令哈特的母亲抛弃它，但母亲却最终还是偷偷把它养大。随着年龄的增长，每天只吃野果的哈特每天饥饿难耐，最终还是抵不住本能的驱使，开始了自己食肉的残暴生涯。然而，由于母亲的影响，在哈特的内心深处，始终涌动着一颗善良的心灵。一天，偶尔遇到一只破壳而出的食草恐龙宝宝，哈特阴差阳错的被恐龙宝宝误认为是“爸爸”，而且为小恐龙取名为“很美味”，自此开始了又一段奇异的恐龙父子情。然而，伴随着生存环境的恶化，恐龙们的生存遭受着前所未有的破坏，哈

在某个朔夜，犬夜叉一行和妖怪奈落展开最终决战。经过一番艰苦缠斗，他们终于消灭这个邪恶的妖怪，漫长的征战终于告一段落。戈薇短暂回到现代休整，随后再次和犬夜叉、七宝踏上寻找四魂玉碎片的旅程；法师弥勒的风穴消失，他返回寺庙拜祭父亲；珊瑚则和云母四处寻找流浪的弟弟琥珀。　　安宁的日子并未持续太久，获得自由的神乐在神无的的指引下，见到被封禁在生命之镜中的神久夜。五十年前，在神久夜的力量下，大地陷入永久的月圆之夜。弥勒的父亲弥苞法师将其封禁。为了解开禁锢，神久夜授意神乐寻找龙头之玉、蓬莱玉枝、佛之石钵、火鼠裘、燕之子

元军攻打日本之际，中国大陆的妖怪为了得到死者魂魄亦东渡日本。在这里，他们遭遇了犬夜叉的父亲斗牙王。经过一番艰苦鏖战，大陆妖怪最终被封印在斗牙王的牙齿中。时间回到战国时代，四魂之玉的一枚碎片飞到不归之森，唤醒了大陆妖怪首领之子玛瑙丸。为了解开被斗牙王牙齿所封印的力量，玛瑙丸派随从琉璃、玻璃将犬夜叉一行人引到不归之森，并诱使犬夜叉用铁碎牙斩断结界。结界消失，被封印上百年的力量开始复活，玛瑙丸变得愈加强大。与此同时，玻璃和琉璃分别夺去了珊瑚的云母和法师的风穴，使犬夜叉一方陷入苦战；另一方面，戈薇的意识被玛瑙丸控

目暮警官、毛利兰的母亲妃英理以及阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。江户川柯南开始追踪伤害了阿笠博士的犯人，他根据几起案件现场留下的线索，发现犯人是按照扑克牌的顺序来行凶的，而且遇害者都是与名侦探毛利小五郎有关的人。目暮警官提供的线索初步揭开了事情的真相，原来毛利小五郎当年任职警察的时候，曾经逮捕了犯下杀人罪的赌徒村上丈，当年也因为这一事件导致毛利小五郎离职以及婚姻变故。十年后，服刑期满的村上丈出狱了，他开始按照扑克牌的顺序向毛利小五郎身边的人展开报复。在得知了事情的原委后，毛利小五郎努力寻找身边有什么人

在不久之前，市内发生了连环杀人事件，遇害人每一个都是音乐家，而且他们均出身于著名钢琴家领衔创建的一所音乐学院。江户川柯南、毛利小五郎、毛利兰、少年侦探团等一行人，收到了一位著名钢琴家的邀请，出席由他出资建造的音乐厅的落成典礼音乐会。该音乐会最大的亮点是巴赫弹奏过的管风琴、世界著名的斯特拉迪瓦里琴的音色，以及拥有绝对音感的天才歌手的歌声。可是万万没想到，在音乐会正式举办之前，陆续发生了许多可疑的案件，让每个人都忧心忡忡。而且，在音乐会正式开演当天，江户川柯南他们所在的音乐会会场突然发生了很大的爆炸，整个会场

一天名侦探毛利小五郎收到了一张寄给他的请帖，里面是一个神秘男子的委托，神秘男子邀请毛利小五郎等人前往横滨的一个游乐场。小五郎和江户川柯南一行人快乐地来到游乐场游玩，还带上了可以出入无阻的VIP手表。不料他们却中了那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则手表上的炸弹便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，如果柯南和小五郎不能解开谜题，小兰和少年侦探团也会随着游乐园一起粉身碎骨。其他侦探们与柯南一同挑战谜题，当所有人一起努力调查犯人的真面目时，危机却不断展露在眼前，时间一分一秒地逼近，犯人无赖地设

柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”度假。这座岛屿自古流传着关于沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着很大的关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger”后，猎人却突

针对警察的连续杀人案件发生了，连续有两位东京警视厅的警察遇害了。柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙去追踪凶手，但凶手逃脱了。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。对于这两起案件，目暮警官等人一反常态不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利小五郎不甘心进一步追问，白鸟警官只答一句“Need not to know”。该话是警察之间所用的密语，意味着这两起杀人事件与警察内部人士有关。 柯南、小兰等

某天，毛利侦探事务所接到了知名舞台剧女演员牧树里的委托。委托内容是牧树里收到怪盗基德预告信，信中指出怪盗基德将在舞台上夺取牧树里佩带的蓝宝石戒指“命运的宝石”。于是毛利小五郎接受保护宝石的工作，依据毛利小五郎的推理，基德将在演出的最后一天前来盗取这颗无价的宝石。在演出的最后一天，毛利小五郎、小兰和柯南受邀观赏舞台剧，在剧场里错综复杂的人群中，基德到底会假扮成谁出现在大家面前，在紧张的埋伏等候中，出现在大家面前的竟然是工藤新一，柯南一方面必须保护宝石，另一方面又不能拆穿基德假扮的工藤新一，因为拆穿基德就等于