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此次的剧场版是小说第一卷内容的再构成，重现了夏娜与悠二相遇相识的过程，也是TV动画版中曾播出过的情节。不过作为剧场版，会在画面、情节等诸多方面做出更大的改进。

前两部《魔法少女小圆》之剧场作品为12集电视版本之总集篇，其中计划包括重新剪辑的电视版内容和配乐，并会追加全新作画。前篇命名为“开始的故事”（始まりの物語），于2012年10月6日上映；后篇命名为“永远的故事”（永遠の物語），于一周后的2012年10月13日上映。

目暮警官、小兰的母亲妃英理、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪伤害阿笠博士的凶手，他根据几起案件现场留下的线索发现凶手按照扑克牌的顺序行凶，而且遇害者皆与毛利小五郎有关。目暮提供的线索初步揭开事情的真相，原来毛利当年任职警察的时候曾经逮捕犯下杀人罪的赌徒村上丈，当年也更因这一事件导致毛利离职以及婚姻变故。十年后，服刑期满的村上丈出狱，开始按照扑克牌的顺序向毛利身边之人展开报复。在得知原委后，毛利努力寻找身边与数字有关的人。在这一过程中，各种惊险场面接连出现。而柯南也对案件的真相产生疑惑。

青叶北高三年级的筱原智某次在河边弹吉他时，吸引了转校生森山燐的注意。燐坚持要拉小智加入学校的乐队，并在文化祭上献歌。小智抵不住燐再三的劝说，最终答应了加入乐队的请求。经过3个月的努力练习后，演唱会成功举办，但燐却病倒了。小智站在身患不治之症即将去世的森山燐的病床前，虽告诉了燐“喜欢你”的想法，但却被拒绝。2个月后，对已经去世的森山燐有着痛苦思念而不断有罪恶感的筱原智决定将时光倒回至半年前，这次他不会再隐瞒自己的内心，一段辛酸的“第二个夏天”故事开启了……

这是人类的体内。许许多多的细胞勤奋工作的世界。某日白细胞(中性粒细胞)与红细胞，遇见了收留迷路乳酸菌的一般细胞。为了将乳酸菌护送至同伴身边，白细胞(中性粒细胞)与一般细胞向肠道出发。然而他们却与来者不善的最强敌人重逢。「我和你们到底谁才是正义的一方，趁这次弄个清楚吧」再次现身的癌细胞。以及遭到坏菌破坏的肠内环境。体内遭遇前所未有的大危机！？「束手就擒吧癌细胞！」为了守护这个世界，白细胞们(中性粒细胞)向赌上世界命运的大战发起挑战。

2020年，被选召的孩子们都长大成人。伴随着未知数码兽的出现，平静的生活被打破，世界即将再次掀起异变。在所有人的命运即将改变之时，八神太一等人再次集结。然而，伴随着战斗的拉响，他们面临与数码宝贝的分别。自1991年夏天开始的漫长冒险，即将迎来终结之时。这是八神太一和数码宝贝们故事的最终篇章，这是他们最后的冒险。

宫藤官九郎原创剧本。“昭和大叔”的主人公·小川市郎因意外从1986年穿越到2024年的现代。市郎是中学的体育老师，同时也是棒球部的顾问，被称为“地狱的小川”，用词粗鲁，经常做出令和无法想象的“不合适”言行。另外，妻子因病去世，他也是在家对独生女的不良行为束手无策的普通父亲。对于合规意识低下的“昭和大叔”市郎来说，在令和总是会说出一些“不合适”的话。但市郎的这种极端观点，给了被规则束缚的令和人们思考的契机。

毛利侦探事务所突然接到一通威胁电话。之后，路上的汽车就在小五郎的眼前爆炸了！“蓝色的少年与蓝色的斑马，从天而降的雨……”根据犯人寄来的挑战书，若不能解读谜之暗号，便无法阻止接下来的爆炸。小五郎和毛利兰在米花市内来回奔走，却完全找不到破解暗号的方法。另一方面，此时的江户川 柯南与灰原和少年侦探团一起，沉浸在观看最爱的足球比赛的快乐之中。正当比赛渐入佳境之时，从兰打来的电话那里，柯南得知了威胁电话的事情。柯南为了解读暗号独自一人离开赛场，却得知了无人能够阻止的恐怖事实……

以635米的高度为傲、可以俯瞰东京街景的铃木塔竣工。前往参加其开幕仪式的柯南等人，从眺望台上享受着绝美的景色。就在此时，一发子弹击碎了窗户玻璃，打穿了一个男人的胸膛。案件发生于一瞬之间，完全搞不清到底发生了什么，小兰与少年侦探团都陷入了恐慌。r柯南立刻利用追踪眼镜的望远镜功能，沿着弹道发现了一个黑色的身影。“从那么远的距离进行狙击，怎么可能？！”柯南马上与女高中生侦探世良真纯乘坐摩托车追赶逃走的狙击手，意想不到的是狙击手居然连警察的巡逻车都打算一起炸掉，整个追踪过程都被其玩弄于股掌之中。结果，这场激烈的追

东京、神奈川、静冈、长野等地发生了六宗的杀人事件，由于现场留下了背面刻有字母的麻将牌，因而被认为是由同一案犯制造的广域连续杀人事件。警视厅联合各县警署召开联合搜查会议，毛利小五郎作为特别顾问而加入。事件中的有着诸如麻将牌的含义、第六名被害者死前遗言“七夕……今……”的含义、被害者的共同点、每名被害者都有一样物品被拿走等等谜团。会议结束后，柯南得知山村警官听到了某名警察用手机发送邮件时出现了类似《七之子》的按键声（即黑色组织头目的邮件地址），于是连忙追出，发现那名警察乘坐琴酒的车离去。