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故事讲述了被人称为最后的名侦探结城新十郎，与他的拍档因果，组成了要解明这世上之谜及真实的侦探二人组合。在面对常理不能解释的谜题或案件时，凭着新十郎的推理及因果的协力，这些难题往往也会迎刃而解。但是，当新十郎对案件越发思考之时，他便发现某些地方的不对劲，并随着他的深入了解，他和因果更渐渐与某件大事件扯上关系。

随着天人（宇宙人）的袭击，城镇和整个江户的价值观发生了改变，宇宙人、高层建筑、摩托车什么的都出现在了世界上。此时依然存在着有着不变灵魂的最后的武士，这个男人的名字是坂田银时，通称万事屋・阿银。阿银是个马虎、鲁莽并且超爱甜食的人，每天在悠哉和若无其事中度过。在与伙伴们共度的时光中，阿银过着充满着笑与泪的温暖生活。

江户时代末期， 被称为“天人”的谜之异星人来袭。于是地球人与天人之间的战争瞬即爆发，为数众多的武士和攘夷派志士都参与与天人的战斗，幕府见识到天人强大的实力后，最终向天人低头，放弃武士不管，擅自与天人签订不平等条约，准许他们入国。其后更颁布了“废刀令”，夺走了武士的刀，使他们无力反抗。自此，天人横行霸道，幕府为天人所影响，甚至被控制，成为了“傀儡政权”。在这样的时代，有一个武士与同伴愉快地过著异想天开的生活。

在武士统治日本的时代……维持京都治安的新选组被杂面之鬼全灭，仅一人幸存。于是，七个罪犯被选为了新选组的替身。同样被杂面之鬼杀死父母的一番星，作为局长·近藤勇的替身，一边担当替身们的中心人物，一边追查仇敌。曾经的罪犯挺身而出，在喧闹中匡正世道的故事即将开幕！

在遥远的莱茵凡王国，王妃诞下了一对双胞胎，可是这对可怜的婴儿自打出生，就背负了残酷的命运。邪恶的教主预言，其中的女婴会在16岁之际成为毁灭世界的可怕存在，因此，刚刚出生的帕西菲卡卡尔苏就被下令处决。出于怜悯，帕西菲卡被一对夫妇收养，隐姓埋名的长大。在新家里，帕西菲卡认识了没有血缘关系的的哥哥夏浓卡尔苏和姐姐拉克薇尔卡尔苏，三人过着平静而快乐的生活。可是，命运不肯放过帕西菲卡，帕西菲卡依旧活着的消息走漏到了教会中，面对着接踵而来的杀手和人们的敌视，在哥哥的保护下，帕西菲卡踏上了逃亡的旅程。随着年龄的渐长，“

2007年，美国研制并发售了一款名为"The World"的网络游戏。很快，全世界有2000万人成为其忠实的玩家。该游戏采用即时战斗的形式，舞台为架空的幻想世界。游戏中，一共有剑士、重剑士、重斧士、咒文师、重枪士和双剑士6种职业，每种职业都有男女之分，玩家可以按照自己的喜好找到适合自己的角色。故事是发生在名为"The World"的线上游戏的幻想世界之中。在游戏世界中发生了原因不明的问题，无法登出的玩家司与不正常存在的猫型角色(玛哈)

地球所存在的海姆冥界森林威胁解除过后，从过去争斗的漩涡中获得黄金果实而成为“起始之男”的葛叶纮汰 / 假面骑士铠武，与“起始之女”高司舞在遥远的新生星球中共同生活。某天，谜之机械生命体却突然来袭及将舞拐走，以强横的实力令铠武陷入劣势并读取其的记忆，从中得知地球的存在后利用空间转移开始展开侵略。

在人类与风共同生活的城市“风来城”，每年会举行一年一度的“风节”。在“风节”的最后一天，传说的宝可梦洛奇亚会现身，为人类送上“恩惠之风”。这是人类与洛奇亚多年以来的约定。小智和皮卡丘偶然到达风来城参加“风节”，遇上了宝可梦新手训练家利莎、喜欢吹牛的吹牛大叔卡戛其、没有自信的懦弱研究家托里托、讨厌宝可梦的怪婆婆翡翠，还有独自伫足森林的神祕少女拉茹果。他们5人各有各的烦恼，以至无法和自己的宝可梦拍档更进一步，作出改变。但随著大家的相遇，命运的齿轮开始转动了……

数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，被分为银河帝国与自由行星同盟这两个拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。两国之间的抗争持续了150年，以无边无际的广袤银河为舞台，重复着无止境的战斗。银河帝国的门阀贵族社会的腐败，以及在自由行星同盟中被称为“民主主义的弊端”的群愚政治正侵蚀着两个国家。之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及人称“不败的魔术师”的杨威利。两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。

萧炎，萧家历史上空前绝后的斗气修炼天才。家族百年之内最年轻的斗者！三年之前，这名声望达到巅峰的天才少年，却是突兀的接受到了有生以来最残酷的打击，他辛辛苦苦修炼十数载方才凝聚的斗之气旋，一夜之间，化为乌有，而且体内的斗之气，也是随着时间的流逝，诡异地变得越来越少导致其实力不断地后退。一夜间，沦落成了路人口中嘲笑的废物！种种打击接踵而至，就在他即将绝望的时候，一缕幽魂（药尘又作药老）从他手上的戒指里浮现，一扇全新的大门在面前开启！竟是有一不死魂魄吸收他的斗气，在药老灵魂停止吸收斗气后萧炎终于天赋重展，（有药老